[发明专利]一种DNA序列比对中的打分方法

摘要

本发明提供了一种DNA序列比对中的打分方法，引入参考序列中碱基排列概率的统计，构建权重矩阵，利用权重矩阵和传统得分矩阵共同设计得分规则，根据打分规则计算序列全局得分，采用动态规划算法进行序列比对得到最优比对。本发明的方法能够利用全局合理性来调控避免“早熟”现象。

主权项

一种DNA序列比对中的打分方法，其特征在于：所述打分方法包括以下步骤：S101：引入参考序列中碱基排列概率的统计，构造权重矩阵N'；S102：构造比对碱基得分矩阵M:其中m(TA)＝m(AT)，其他组合同理；S103：设置打分规则：设S＝s1s2...sm和T＝t1t2...tn是两个待比对的序列，通过在S和T中合适的位置插入空位得到S'和T'，使得|S'|＝|T'|，令位置i上字符比对得分为σ(S'[i],T'[i])，其中R为正数，‘‑’表示空位，σ(S′[i],T′[i])=m(S′[i]T′[i]),S′[i]=T′[i]P′(T′[i-1]T′[i])×m(S′[i]T′[i]),S′[i]≠T′[i]-R,S′[i]=-orT′[i]=-]]>其中，m(S'[i]T'[i])为矩阵M的元素，P'(T'[i‑1]T'[i])为矩阵N'的元素，则序列全局得分为：Score=Σilσ(S′[i],T′[i]).]]>