[发明专利]分析个体两类状态的免疫差异、辅助确定个体状态的方法

摘要

本发明公开了一种分析个体两类状态的免疫差异的方法，包括步骤：获取第一测序数据和第二测序数据；分别对第一测序数据中的第一读段和第二测序数据中的第二读段进行拼接，获得第一拼接序列和第二拼接序列；将第一拼接序列和第二拼接序列分别与多种CDR3参考序列比对，获得第一CDR3序列和第二CDR3序列；比较第一CDR3序列和第二CDR3序列中的各种VJ组合亚型的使用频率的差异，确定差异具有统计意义的VJ组合亚型对第一类状态和第二类状态的区分效果。本发明还公开一种辅助确定个体状态的方法和/或装置。

主权项

1.一种分析个体两类状态的免疫差异的方法，其特征在于，包括，获取第一测序数据和第二测序数据，所述第一测序数据为第一类状态个体的淋巴细胞基因组的至少一部分的序列测定数据，包括多个第一读段，所述第二测序数据为第二类状态个体的淋巴细胞基因组的至少一部分的序列测定数据，包括多个第二读段，所述淋巴细胞基因组的至少一部分包括CDR3序列的至少一部分；分别对第一测序数据中的第一读段和第二测序数据中的第二读段进行拼接，获得第一拼接序列和第二拼接序列；将第一拼接序列和第二拼接序列分别与多种CDR3参考序列比对，获得第一CDR3序列和第二CDR3序列，所述多种CDR3参考序列包括V基因参考序列、D基因参考序列和J基因参考序列中的至少两种；比较第一CDR3序列和第二CDR3序列中的各种VJ组合亚型的使用频率的差异，确定差异具有统计意义的VJ组合亚型对第一类状态和第二类状态的区分效果，第一CDR3序列中的VJ组合亚型的使用频率为支持该VJ组合亚型的第一CDR3序列的种类数目与支持所有VJ组合亚型的第一CDR3序列的种类总数的比值，第二CDR3序列中的VJ组合亚型的使用频率为支持该VJ组合亚型的第二CDR3序列的种类数目与支持所有VJ组合亚型的第二CDR3序列的种类总数的比值。