[发明专利]分析个体两类状态的免疫差异、辅助确定个体状态的方法

摘要

本发明公开了一种分析个体两类状态的免疫差异的方法，包括：获取第一和第二测序数据；分别对第一读段和第二读段进行拼接；将第一拼接序列和第二拼接序列分别与多种CDR3参考序列比对；进行(1)～(4)中的至少之二，以及确定所进行的(1)～(4)中差异具有统计意义的因素对第一类和第二类状态的区分效果，(1)比较第一高频CDR3序列比例和第二高频CDR3序列比例的差异，(2)比较第一CDR3序列和第二CDR3序列中的各种V亚型的使用频率的差异，(3)比较第一CDR3序列和第二CDR3序列中的各种V合并亚型的使用频率的差异，(4)比较第一CDR3序列和第二CDR3序列中的各种VJ组合亚型的使用频率的差异。

主权项

1.一种分析个体两类状态的免疫差异的方法，其特征在于，包括，获取第一测序数据和第二测序数据，所述第一测序数据为第一类状态个体的淋巴细胞基因组的至少一部分的序列测定数据，包括多个第一读段，所述第二测序数据为第二类状态个体的淋巴细胞基因组的至少一部分的序列测定数据，包括多个第二读段，所述淋巴细胞基因组的至少一部分包括CDR3序列的至少一部分；分别对第一测序数据中的第一读段和第二测序数据中的第二读段进行拼接，获得第一拼接序列和第二拼接序列；将第一拼接序列和第二拼接序列分别与多种CDR3参考序列比对，获得第一CDR3序列和第二CDR3序列，所述多种CDR3参考序列包括V基因参考序列、D基因参考序列和J基因参考序列中的至少两种；进行以下(1)～(4)中的至少之二，(1)比较第一高频CDR3序列比例和第二高频CDR3序列比例的差异，确定差异具有统计意义的高频CDR3序列比例对第一类状态和第二类状态的区分效果，所述第一高频CDR3序列比例为所述第一CDR3序列种类总数中高频CDR3序列种类数目所占的比例，所述第二高频CDR3序列比例为所述第二CDR3序列种类总数中高频CDR3序列种类数目所占的比例，所述第一高频CDR3序列为在所述第一CDR3序列中频率不小于0.05％的CDR3序列，所述第二高频CDR3序列为在所述第二CDR3序列中频率不小于0.05％的CDR3序列，(2)比较第一CDR3序列和第二CDR3序列中的各种V亚型的使用频率的差异，确定差异具有统计意义的V亚型对第一类状态和第二类状态的区分效果，第一CDR3序列的V亚型的使用频率为支持该V亚型的第一CDR3序列的种类数目与支持所有V亚型的第一CDR3序列的种类总数的比值，第二CDR3序列中的V亚型的使用频率为支持该V亚型的第二CDR3序列的种类数目与支持所有V亚型的第二CDR3序列的种类总数的比值，(3)比较第一CDR3序列和第二CDR3序列中的各种V合并亚型的使用频率的差异，确定差异具有统计意义的V合并亚型对第一类状态和第二类状态的区分效果，第一CDR3序列中的V合并亚型的使用频率为支持该V合并亚型的第一CDR3序列的种类数目与支持所有V合并亚型的第一CDR3序列的种类总数的比值，第二CDR3序列中的V合并亚型的使用频率为支持该V合并亚型的第二CDR3序列的种类数目与支持所有V合并亚型的第二CDR3序列的种类总数的比值，(4)比较第一CDR3序列和第二CDR3序列中的各种VJ组合亚型的使用频率的差异，确定差异具有统计意义的VJ组合亚型对第一类状态和第二类状态的区分效果，第一CDR3序列中的VJ组合亚型的使用频率为支持该VJ组合亚型的第一CDR3序列的种类数目与支持所有VJ组合亚型的第一CDR3序列的种类总数的比值，第二CDR3序列中的VJ组合亚型的使用频率为支持该VJ组合亚型的第二CDR3序列的种类数目与支持所有VJ组合亚型的第二CDR3序列的种类总数的比值，其中，所述获取第一测序数据和第二测序数据，包括，分别提取第一类状态个体和第二类状态个体的淋巴细胞中的核酸，获得第一核酸和第二核酸，分别捕获第一核酸和第二核酸中的CDR3序列，分别对捕获得的核酸进行测序文库构建，获得第一测序文库和第二测序文库，对所述第一测序文库和第二测序文库进行测序，获得第一测序数据和第二测序数据。