[发明专利]一种测定杂交水稻新品种的特异性、一致性与稳定性的方法

摘要

本发明公开了一种测定杂交水稻新品种的特异性、一致性与稳定性的方法。所述方法包括获得变异位点；确定待测水稻品种的测试区域；构建数据库；确定抽样量后，随机抽样混合并提取混合样本的DNA；制备引物；利用引物对混合样本的DNA进行扩增，扩增产物用于构建高通量测序文库；对高通量测序文库进行高通量测序，得到测序片段组；分析测序片段组，获得待测水稻品种基因型和杂株基因型；比较获得近似品种、变异位点和变异位点率；获得杂株品种后，计算杂株率；利用变异位点、变异位点率和杂株率，判断待测水稻品种特异性、一致性和稳定性。所述方法能够准确、完整地判断待测水稻品种的特异性、稳定性与一致性，且测试速度更快。

主权项

一种测定杂交水稻新品种的特异性、一致性与稳定性的方法，其特征在于，所述方法包括：获得不同水稻品种间的变异位点；通过所述变异位点确定所述待测水稻品种的测试区域，所述测试区域包括通用测试区域，至少部分所述变异位点包含在所述通用测试区域内，通过所述变异位点确定所述通用测试区域的方法为：通过区分度计算区分度的值，其中，a为变异窗口区域中被检测到的品种总数，bi为所述变异窗口区域中第i种基因型的品种数，且bi>1，k为包含大于1个品种的基因型的数目，所述变异窗口区域为以每个单核苷酸变异位点为中心，向所述单核苷酸变异位点的两侧各延伸测序列长度的1/2作为检测的窗口，所述通用测试区域为细胞质基因组上区分度大的区域或细胞核基因组上所述区分度大且均匀分布的区域，其中，所述基因型为所述测试区域内多个单核苷酸变异位点的组合；构建包含所述不同品种在所有所述测试区域的基因型的数据库；确定所述待测水稻品种的抽样量SN后，随机抽样混合并提取混合样本的DNA；制备扩增所述测试区域的引物，所述引物包括所述通用测试区域引物；利用所述引物对所述混合样本的DNA进行扩增，得到所述测试区域的扩增产物，所述扩增产物用于构建高通量测序文库；对所述高通量测序文库进行高通量测序，得到测序片段组；分析所述测序片段组，获得待测水稻品种基因型和杂株基因型；将所述待测水稻品种基因型与所述数据库中的所述不同品种的基因型比较，获得所述待测水稻品种的近似品种、变异位点和变异位点率；将所述杂株基因型与所述数据库中的所述不同品种的基因型比较，获得杂株品种后，计算杂株率；利用所述变异位点、所述变异位点率和所述杂株率，判断所述待测水稻品种特异性、一致性和稳定性。