[发明专利]基于回溯法和动态规划法的生物网络模体识别方法

摘要

本发明涉及生物网络模体识别领域，具体讲是涉及一种基于回溯法和动态规划法的生物网络模体识别方法。该方法将动态规划法引入生物网络模体识别中，并对子图搜索过程中使用的回溯法进行了一定的改进。从实验得出的数据和与其他方法的比较结果来看，该方法可以更加全面的搜索出相应规模的子图，从而能更准确的识别模体；该方法的子图搜索时间也大为缩短，说明了本方法具有良好的时间效率。

主权项

基于回溯法和动态规划法的生物网络模体识别方法，其特征在于：先通过逐渐增加边和节点的方式列举出最小规模的子图，再通过动态规划思想调用已搜索到的子图搜索更大规模的子图，其具体步骤如下：1)读入输入图，将输入图信息转化为计算机语言识别的格式，获取其关联矩阵和信息矩阵信息；2)选择编号为1的顶点作为起始点，然后通过逐渐增加节点和边的方式获得输入图的所有3节点子图，同时将每个3节点子图的相关点和相关边作为中间变量保存起来，以备调用；3)通过动态规划法调用已搜索到的n节点子图及其相关点相关边来搜索n+1节点子图，其中n>＝3，直到n节点子图全部调用完，存储搜索到的n+1节点子图，同时将n+1节点子图以及他们的相关点相关边作为中间变量保存起来，以备调用；重复步骤3)，获得所有想要搜索的子图；所述步骤3)的具体过程如下：(1)首先调一个n节点子图，判断n节点子图是否全部调用完；如果没有调用完，转到(2)；如果调用完，则完成n+1节点子图的搜索，进入下一个节点子图搜索，结束；(2)判断是否所有的相关点都进行了判断；如果所有的相关点都判断结束，则调入下一个n节点子图及其相关点和相关边，转到(1)；如果没有结束，转到(3)；(3)判断当前子图节点数有没有达到n+1个，如果达到，则说明完成一个子图的搜索，子图数目加1，转到(4)；没有达到，转到(5)；(4)判断这个子图的相关点中是否有和子图中相同的点，如果有相同点，那么仅保存这个子图；如果没有相同的点，那么除了保存这个子图外，还保存它的相关点及相关边；转到(6)；(5)判断当前相关点和子图中的点是否相同，如果相同，转到(7)；如果不相同，指向下一个相关点，转到(2)；(6)从第一个相关点开始判断是否所有的相关点都进行了判断，如果是，转到(2)；如果否，转到(8)；(7)判断这个相关点所对应的边和子图中的边是否相同.如果相同，指向下一个相关点，转到(2)；如果否，将这个相关点加入子图，同时将这个点的相关点及相关边加入相关点相关边集合，转到(3)；(8)判断当前相关点是否与子图中的点相等，同时对应的相关边与子图中的边不相等；如果是，将这个相关点及对应的相关边加入子图，子图数目加1，转到(4)；如果否，指向下一个相关点，转到(6)。