[发明专利]一种测定杂交玉米新品种的特异性、一致性与稳定性的方法

摘要

本发明公开了一种测定杂交玉米新品种的特异性、一致性与稳定性的方法。所述方法包括获得变异位点；确定待测玉米品种的测试区域；构建数据库；确定抽样量后，随机抽样混合并提取混合样本的DNA；制备引物；利用引物对混合样本的DNA进行扩增，扩增产物用于构建高通量测序文库；对高通量测序文库进行高通量测序，得到测序片段组；分析测序片段组，获得待测玉米品种基因型和杂株基因型；比较获得近似品种、变异位点和变异位点率；获得杂株品种后，计算杂株率；利用变异位点、变异位点率和杂株率，判断待测玉米品种特异性、一致性和稳定性。所述方法能够准确、完整地判断待测玉米品种的特异性、稳定性与一致性，且测试速度更快。

主权项

一种测定杂交玉米新品种的特异性、一致性与稳定性的方法，其特征在于，所述方法包括：获得不同玉米品种间的变异位点；通过所述变异位点确定所述待测玉米品种的测试区域，所述测试区域包括通用测试区域，至少部分所述变异位点包含在所述通用测试区域内，通过计算区分度的值，其中，a为变异窗口区域中被检测到的品种总数，bi为所述变异窗口区域中第i种基因型的品种数，且bi>1，k为包含大于1个品种的基因型的数目，所述变异窗口区域为以每个单核苷酸变异位点为中心，向所述单核苷酸变异位点的两侧各延伸待测序列长度的1/2作为检测的窗口；所述通用测试区域为细胞质基因组上区分度最大的8000个变异窗口和位于细胞质基因组中区分度最大的100个变异窗口；构建包含所述不同品种在所有所述测试区域的基因型的数据库；确定所述待测玉米品种的抽样量SN后，随机抽样混合并提取混合样本的DNA，所述抽样量SN满足如下条件：BINOM.INV(SN,M,0.95)/SN≤1.15*M，其中BINOM.INV为excel 2010中的函数，M为判断所述一致性和稳定性时所选用的阈值，所述抽样量SN满足的条件含义为：即使所述杂株率只超出阈值M的15％，所述抽样量在95％的概率保证下，可正确判断所述待测玉米品种的稳定性与一致性；制备扩增所述测试区域的引物，所述引物包括所述通用测试区域引物；利用所述引物对所述混合样本的DNA进行扩增，得到所述测试区域的扩增产物，所述扩增产物用于构建高通量测序文库；对所述高通量测序文库进行高通量测序，得到测序片段组，所述高通量测序的深度CF满足如下条件：BINOM.DIST(10,10,BINOM.DIST(8,20,BINOM.DIST(0,CF,0.1％,TRUE),TRUE),FALSE)≥99.9％，1‑BINOM.DIST(10000,10000,1‑BINOM.DIST(8,20,1‑BINOM.DIST(99.99％*CF,CF,99.9989％,TRUE),TRUE),FALSE)≤0.1％且BINOM.DIST(10*(1‑M)*CF,10*CF,1‑110％*M,TRUE)≥95.0％，其中，CF为所述高通量测序的深度，M为判断所述一致性和稳定性时所选用的阈值，BINOM.DIST为excel 2010中的函数，所述高通量测序的深度CF满足的条件含义为：在所述杂株率低至0.1％、所述杂株品种为10个且所述杂株品种与所述待测玉米品种间平均仅有20个差异位点的条件下，由所述高通量测序的深度CF决定的检出全部所述杂株品种的概率≥99.9％；在所述数据库的品种为10000个且所述杂株品种与所述待测玉米品种间平均仅有20个差异位点的条件下，由所述高通量测序的深度CF决定的存在误判所述杂株品种的概率≤0.1％；在所述杂株品种为10个且真实杂株率仅超过判断特异性时所选用的阈值的10％时，由所述高通量测序的深度CF决定的对稳定性与一致性的判定结论正确的概率≥95.0％；分析所述测序片段组，获得待测玉米品种基因型和杂株基因型；将所述待测玉米品种基因型与所述数据库中的所述不同品种的基因型比较，获得所述待测玉米品种的近似品种、变异位点和变异位点率；将所述杂株基因型与所述数据库中的所述不同品种的基因型比较，获得杂株品种后，计算杂株率；利用所述变异位点、所述变异位点率和所述杂株率，判断所述待测玉米品种特异性、一致性和稳定性。