[发明专利]一种对核酸序列信息进行匹配的方法有效
申请号: | 201510482636.9 | 申请日: | 2012-07-28 |
公开(公告)号: | CN105069325B | 公开(公告)日: | 2018-10-09 |
发明(设计)人: | 盛司潼 | 申请(专利权)人: | 盛司潼 |
主分类号: | G06F19/22 | 分类号: | G06F19/22 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 518057 广东省深圳市南山区*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | 本发明涉及信息处理领域,提供了一种对核酸序列信息进行匹配的方法,所述方法包括以下步骤:A、对数据库中的参考序列进行BWT变换,得匹配参考序列,并将匹配参考序列存储在数据库中;B、对数据库中的匹配参考序列进行间隔标记;C、将核酸序列片段依次分别与数据库中的匹配参考序列进行一致性匹配,得匹配核酸序列。本发明的对核酸序列信息进行匹配的方法能实现核酸序列信息与参考序列的快速匹配。 | ||
搜索关键词: | 一种 核酸 序列 信息 进行 匹配 方法 | ||
【主权项】:
1.一种对核酸序列信息进行匹配的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:A、对数据库中的参考序列进行BWT变换,得匹配参考序列,并将匹配参考序列存储在数据库中;B、对数据库中的匹配参考序列按照等差数列进行间隔标记,且在每个等差数列间隔中再利用等差数列对数据库中的匹配参考序列进行进一步标记;C、将核酸序列片段依次分别与数据库中的匹配参考序列进行一致性匹配,得匹配核酸序列。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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