[发明专利]一种基于受选择位点指数评估动植物品种育种潜力的方法

摘要

本发明公开了一种基于受选择位点指数评估动植物品种育种潜力的方法及其应用，所述的方法包括以下步骤1）获得同一物种大量品种的基因型数据；2）通过群体遗传分析将品种划分不同亚群；3）基于多种指标鉴定不同亚群之间的受选择区段；4）鉴定受选择区段上的受选择的单倍型；5）计算不同品种的受选择位点指数。受选择位点指数可用于评估动植物品种综合育种潜力。

主权项

一种基于受选择位点指数评估籼稻育种潜力的方法，包括以下步骤：步骤S1，获得同一物种大量品种的多态性位点的基因型数据，去除缺失值大于20％的位点；步骤S2，对步骤S1获得的预处理数据进行群体遗传分析，划分亚群；即基于随机选择的基因组上均匀分布的位点，或基于连锁不平衡筛选独立的位点，或选择使用所有位点，使用基于最大似然法或贝叶斯方法的软件划分亚群；步骤S3，对步骤S2获得的不同亚群，选择任意两个亚群，使用群体遗传学方法鉴定亚群间有差异的受选择区段；步骤S4，对步骤S3获得的受选择区段，鉴定受选择的单倍型；即选择两个亚群后，再选一个差异最大的亚群作为外群，鉴定每个位点原始基因型和衍生基因型；外群中的主要基因型定义为原始基因型；对所选外群和两个亚群，筛选外群中原始基因型频率大于98％且衍生基因型在这两个亚群中频率差异最大的少于25％的位点；基于上一步操作所筛选出的位点，对所选两个亚群间的每个差异受选择区段，计算每个品种中属于衍生基因型位点的个数，所有品种中该数值最大值的一半确定为阈值；大于该阈值的品种认为在该区段具有受选择的单倍型；步骤S5，对步骤S4获得的受选择单倍型，计算不同品种包含的具有受选择单倍型的受选择区段的数目，即受选择位点指数；依据受选择位点指数与育种目标值之间的正相关关系评估待测品种的育种潜力；所述的物种为籼稻。