[发明专利]一种核酸扩增反应引物的设计方法及其应用

摘要

本发明公开了一种核酸扩增反应引物的设计方法，确定引物的目标序列和非目标序列；针对目标序列设计单条引物；引物序列比对；将单条引物组合成引物组；对引物组进行物理化学性质、通用性以及特异性检测和判定；输出引物组，即得到所述核酸扩增反应引物。本发明充分运用了基因组学数据以及相关方法、工具，实现针对目标基因或区域、目标基因组的高效率引物设计，获得高通用性且高特异性的引物。

主权项

1.一种核酸扩增反应引物的设计方法，其特征在于，所述方法包含如下步骤：(1)确定引物的目标序列和非目标序列；(2)针对目标序列设计单条引物；(3)引物序列比对；(4)根据核酸扩增反应的类型及其对引物组合方式的要求，将单条引物组合成引物组；(5)对引物组进行物理化学性质、通用性以及特异性检测和判定；(6)输出引物组，即得到所述核酸扩增反应引物；具体地，所述方法包括如下步骤：(1)初始化：将由引物的所有目标序列组成的集合定义为集合G_1，将由引物的所有非目标序列组成的集合定义为集合G_2；(2)设计单条引物：根据核酸扩增反应的类型，设定描述引物特性的各项参数，以集合G_1中的某一目标序列为引物设计的候选序列，计算得出符合条件的所有单条引物，并记录每条引物的信息；(3)引物序列比对：将设计出的单条引物分别与集合G_1和集合G_2进行序列比对，记录比对信息；(4)单条引物组合：根据核酸扩增反应的类型及其对引物组合方式的要求，将单条引物组合成引物组；(5)引物的检测：对引物组进行物理化学性质、通用性以及特异性检测和判定；(6)输出符合条件的引物组，即得到所述核酸扩增反应的引物；其中，步骤(3)中所述序列比对，包括使用Bowtie、Bowtie2、BWA、SOAP快速比对软件和Blast、Blat长序列比对软件；所述比对信息包括每条引物在集合G_1和集合G_2中每个序列上的位置、正负链信息。