[发明专利]确定受体cfDNA样本中供体来源cfDNA比例的方法

摘要

本发明公开了一种确定受体cfDNA样本中供体来源的cfDNA比例的方法，包括：获取第一和第二测序数据，第一和第二测序数据分别为受体gDNA和受体cfDNA的至少一部份的测序结果；将第一和第二测序数据分别与参考序列比对，获得第一和第二比对结果；基于第一比对结果进行SNP检测，获得第一分型结果，第一分型结果包括多个一级纯合子SNP，表示为AA；基于第二比对结果中比对上二级纯合子SNP的第二读段的量，确定供体来源的cfDNA的比例，二级纯合子SNP为比对上该位点的第二读段中包含不支持等位基因A的第二读段的一级纯合子SNP的至少一部分。该方法不依赖于供体遗传样本，就能准确确定受体cfDNA中供体来源cfDNA的含量。

主权项

1.一种用于非诊断目的的确定受体cfDNA样本中供体来源的cfDNA的比例的方法，其特征在于，包括：获取第一测序数据和第二测序数据，所述第一测序数据为受体基因组DNA的至少一部分的测序结果，包括多个第一读段，所述第二测序数据为受体cfDNA的至少一部份的测序结果，包括多个第二读段；将所述第一测序数据和所述第二测序数据分别与参考序列进行比对，对应获得第一比对结果和第二比对结果；基于所述第一比对结果进行SNP检测，获得第一分型结果，所述第一分型结果包括多个一级纯合基因型SNP，表示所述一级纯合基因型SNP在所述第一测序数据中的基因型为AA；基于所述第二比对结果中比对上二级纯合基因型SNP的第二读段的量，确定所述供体来源的cfDNA的比例，所述二级纯合基因型SNP为满足以下条件的一级纯合基因型SNP的至少一部分：第二比对结果中比对上该位点的第二读段中包含不支持等位基因A的第二读段；其中，所述获取第一测序数据和/或第二测序数据，包括：获取所述受体基因组DNA样本和/或所述受体cfDNA样本，所述基因组DNA样本包含基因组DNA，所述cfDNA样本包含cfDNA；对所述基因组DNA和/或cfDNA进行捕获，获得第一目的片段和/或第二目的片段；对所述第一目的片段和/或第二目的片段进行测序，获得所述第一测序数据和/或所述第二测序数据；其中，利用液相芯片进行所述捕获，所述捕获的区域包括以下合并(i)‑(iii)中的至少之二后的非冗余位点：(i)人类群体等位基因频率数据库中的杂合度为0.48‑0.5的SNP位点，(ii)在千人基因组数据库的东亚人群中的次等位基因频率为0.5，或者在该数据库中的所有群体中的平均次等位基因频率为0.4‑0.5的SNP位点，(iii)在HapMap数据库的CHB子库中的次等位基因频率大于0.4，或者次等位基因频率为0.5，或者杂合度为0.48‑0.5的SNP位点。