[发明专利]一种构建高可利用数据率的Hi-C文库的方法有效
| 申请号： | 201510679985.X | 申请日： | 2015-10-19 |
| 公开（公告）号： | CN106591285B | 公开（公告）日： | 2019-11-29 |
| 发明（设计）人： | 张介中;李珊珊;赵红梅;苑赞;玄兆伶;李大为;梁峻彬;陈重建 | 申请（专利权）人： | 浙江安诺优达生物科技有限公司;安诺优达基因科技(北京)有限公司;安诺优达(义乌)医学检验有限公司 |
| 主分类号： | C12N15/10 | 分类号： | C12N15/10;C12Q1/6869;C40B50/06 |
| 代理公司： | 11688 北京彩和律师事务所 | 代理人： | 闫桑田<国际申请>=<国际公布>=<进入 |
| 地址： | 322000 浙江省金华市义*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | 本发明提供一种构建高可利用数据率的Hi‑C文库的方法。本发明的构建Hi‑C文库的方法包括用大于1重量％的甲醛溶液处理细胞、得到染色质被固定化的细胞的步骤；以及用0.01～1M NaOH溶液清洗固定有生物素标记的DNA片段的链霉亲和素化固体载体的步骤。根据本发明，仅通过在传统的构建Hi‑C文库的方法的基础上进行巧妙的改进，即可显著提高所构建的Hi‑C文库的可利用数据率。 | ||
| 搜索关键词： | 构建 文库 数据率 链霉亲和素化 生物素标记 细胞 甲醛溶液 传统的 固定化 染色质 清洗 改进 | ||
【主权项】：
1.一种构建Hi-C文库的方法，该方法包括下述步骤：/n步骤A：用1.5重量％～10重量％的甲醛溶液处理细胞,得到染色质被固定化的细胞；/n步骤B：裂解所述步骤A中得到的染色质被固定化的细胞，获得被固定化的染色质；/n步骤C：对所述步骤B中获得的被固定化的染色质进行消化，得到被固定化的染色质片段；/n步骤C1：对步骤C中得到的被固定化的染色质片段的末端进行生物素标记，并平末端化,得到平末端化的被固定化的染色质片段；/n步骤D：将所述步骤C1中得到的平末端化的被固定化的染色质片段进行重新连接，得到重新连接的被固定化的染色质片段；/n步骤E：使所述步骤D中得到的重新连接的被固定化的染色质片段解除固定化，并回收DNA片段；/n步骤F：去除所述步骤E中回收的DNA片段中的未连接的末端生物素标记，得到纯化的DNA片段；/n步骤G：将所述步骤F中得到的纯化的DNA片段打断，得到更小的DNA片段；以及/n步骤H1：将所述更小的DNA片段进行末端修复及3’端加A；然后，/n步骤H2：利用链霉亲和素化固体载体钓取含有生物素标记的DNA片段；/n步骤H3：将所述固体载体上的生物素标记的DNA片段进行接头连接；然后/n步骤H4：用0.01～1M NaOH溶液清洗所述固体载体两次以上；然后/n步骤H5：以留在所述固体载体上的DNA片段作为模板进行PCR扩增，从而构建Hi-C文库。/n
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