[发明专利]构建植物蛋白质互作网络的方法

摘要

一种构建植物蛋白质互作网络的方法，该方法将蛋白质结构与非结构特征相结合，利用随机森林算法训练蛋白质互作模型，并用训练后的蛋白质互作分类器对植物蛋白质相互作用关系进行预测，而后构建植物蛋白质相互作用关系网络。与现有方法相比，该方法极大地提高了植物蛋白质相互作用关系预测的准确性。

主权项

一种构建植物蛋白质互作网络的方法，其特征在于：包括以下步骤：一、植物基因同源结构建模，同源结构模型筛选标准为BLAST的E值<10^‑5、或MPQS值≥0.5、或GA341值≥0.5、或z‑DOPE值<0；二、蛋白质同源结构与复合体模板进行空间结构比对叠加；三、选择模板建模分值大于0.4的空间叠加结果，计算结构特征，具体包括蛋白质同源结构与复合体模板之间的均方根偏差、同源结构与复合体模板之间的模板建模分值、蛋白质同源结构间互作界面保守残基数目以及互作界面保守残基比例；四、非结构特征计算，具体包括基因共表达，GO三类属性的基因功能相似性，基因系统发生谱，蛋白质相互作用关系的跨物种保守性以及基因融合；五、利用随机森林算法进行植物蛋白质互作模型训练，随机森林算法选择分裂属性的个数为4，生成决策树的数目为500；六、植物蛋白质相互作用关系预测，其筛选阈值≥0.5；七、构建植物蛋白质相互作用关系网络。