[发明专利]植物抗旱基因模块发掘方法在审
| 申请号： | 201510697716.6 | 申请日： | 2015-10-23 |
| 公开（公告）号： | CN105279396A | 公开（公告）日： | 2016-01-27 |
| 发明（设计）人： | 张利达;刘奕慧;刘诗薇 | 申请（专利权）人： | 上海交通大学 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18;G06F19/24 |
| 代理公司： | 上海科盛知识产权代理有限公司 31225 | 代理人： | 杨元焱 |
| 地址： | 200240 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 一种植物抗旱基因模块发掘方法，该方法基于基因相互作用网络，采用马尔可夫聚类算法对基因互作网络进行模块化分析，并利用基因芯片与全基因组关联数据对基因模块的抗旱作用大小进行评估。根据各个基因模块的抗旱贡献大小，筛选关键抗旱基因模块。与现有方法相比，该方法侧重于全新抗旱基因群的发现，极大地提高了植物抗旱基因发掘的效率与准确性。 | ||
| 搜索关键词： | 植物 抗旱 基因 模块 发掘 方法 | ||
【主权项】：
一种植物抗旱基因模块发掘方法，其特征在于：包括以下步骤：一、分离并建立目标植物的基因互作数据库；二、利用马尔可夫聚类算法对基因互作网络进行模块化分析，并对基因模块的生物学意义进行评估；三、利用基因芯片数据鉴定目标植物的干旱胁迫应答基因，采用累积超几何分布对基因模块富含干旱胁迫应答基因进行显著性分析；四、利用全基因组关联数据分析基因模块与抗旱性之间的关联程度；五、根据基因模块两类排名的几何平均值计算基因模块的抗旱作用大小，并以此筛选关键抗旱基因模块。
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