[发明专利]一种新的融合核苷酸二联体结构信息和物理化学特性的RNA序列表示方法

摘要

本发明提供一种新的融合核苷酸二联体结构信息和物理化学特性的RNA序列表示方法，将核苷酸二联体结构信息和其它物理化学特性构建RNA序列物理化学矩阵PCM，此矩阵含有RNA序列结构信息和序列顺序信息。通过对矩阵中的每行数据建立灰色模型并计算其自相关因子和行与行之间的互相关因子得到序列局部信息，将PCM转换成二维图像，计算其图像几何距得到序列全局信息。将所得到的描述序列局部信息和全局信息的因子相结合，得到RNA序列离散向量描述模型。本方法用于RNA属性类型预测及RNA修饰位点的位预测中，能明显提高相关预测器的预测成功率，具有广阔的运用前景。

主权项

一种新的融合核苷酸二联体结构信息和物理化学特性的RNA序列表示方法，其特征在于包括以下步骤：（1）基于核苷酸二联体物理化学性质构成RNA序列的物理化学矩阵PCM，该矩阵是一个10（L‑1）的矩阵，其中L为序列长度，10为采用了10种核苷酸二联体物理化学性质；（2）对PCM矩阵中的每一行数据采用灰色模型GM（2,1）进行建模得到描述每行序列整体特征的3个参数，10行共30个参数；（3）对PCM矩阵中每行数值序列计算其自相关因子，得到10个参数，这里，这些参数描述了RNA序列的局部特征；（4）对PCM矩阵中各行计算其互相关因子，得到109个参数，这些参数描述了序列的局部信息；（5）将PCM矩阵进行转换，数值投影到0‑255区间后，转换成二维图像，取图像的几何矩作为描述RNA序列的整体特征；（6）将上述所得到的描述RNA序列特征因子结合，最终得到RNA序列的离散向量描述方法。