[发明专利]一种检测基因组拷贝数变异的方法

摘要

本发明涉及一种检测基因组拷贝数变异的方法，具体包括以下步骤：对样本基因组进行测序，以获得基因组序列；将序列比对到参考基因组，得到序列在基因组上的位置；将参考基因组分成一定长度的窗口，统计落在每个窗口的序列及碱基；根据每个窗口的序列及碱基GC含量，对每个窗口做校正；确定拷贝数正常的阈值，扫描每个窗口，确定窗口拷贝数是否变异；精确扫描异常的窗口，以确定精确的断点，来确定拷贝数变异的具体位置。本发明利用三均值，通过窗口校正、确定拷贝数正常的阈值、精确扫描异常窗口、确定精确的断点和拷贝数变异的具体位置，能够提高基因组拷贝数变异检测的灵敏性，其操作简便可行、效率高、成本低，有利于推广和应用。

主权项

1.一种检测基因组拷贝数变异的方法，其特征在于，包括以下各步骤：(1)对样本基因组采用高通量测序平台进行测序，以获得样本的基因组序列；(2)将步骤(1)的测序结果去掉接头及低质量数据比对到参考基因组，得到序列在基因组上的位置；(3)将参考基因组分成一定长度的窗口，统计落在每个窗口的序列及碱基；(4)根据每个窗口的序列及碱基GC含量，对每个窗口做校正，具体如下：计算每个窗口的平均GC含量GCim，GCim＝(GCir+GCig)/2，其中GCir为每个窗口测序序列的GC含量，GCig为每个窗口参考基因组的GC含量，将GC含量从0到100％按照一定梯度划分成等份，对于测定样本，统计每份的窗口个数nj，所有份的窗口数目的三均值M’，可计算每份的权重系数wj＝nj/M’，则每个窗口GC校正后的序列数目RCi＝RC×wj，其中RC为原始测序数目，RCi为GC校正后的序列数目，计算所有窗口GC校正后序列数目的三均值RCM’，可计算得到每个窗口的相对测序数目RCi’＝RCi/RCM’；(5)确定拷贝数正常的阈值，扫描每个窗口，确定窗口拷贝数是否变异；(6)精确扫描异常的窗口，以确定精确的断点，来确定拷贝数变异的具体位置。