[发明专利]普通小麦抗病序列的全基因组SSR特异分子标记及开发方法在审
| 申请号： | 201510761636.2 | 申请日： | 2015-11-11 |
| 公开（公告）号： | CN105331701A | 公开（公告）日： | 2016-02-17 |
| 发明（设计）人： | 乔麟轶;畅志坚;张晓军;常建忠;郑军;李欣;詹海仙;郭慧娟;高建刚;张文萍 | 申请（专利权）人： | 山西省农业科学院作物科学研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/68 | 分类号： | C12Q1/68;C12N15/11;C12N15/10 |
| 代理公司： | 太原科卫专利事务所(普通合伙) 14100 | 代理人： | 朱源 |
| 地址： | 030031 山*** | 国省代码： | 山西;14 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明涉及植物分子标记引物设计方法，具体为基于普通小麦抗病序列的全基因组SSR特异分子标记开发方法，解决目前现有的小麦抗病育种SSR标记存在点位多、与目的基因距离较远的问题，操作步骤为：1）、下载全基因组数据，建立本地数据库；2）、用抗病类基因家族的隐马尔可夫模型检测数据库，所得序列经筛选得包含目标抗病结构的蛋白序列，再检索本地数据库，得到相应的基因组序列片段scaffold；3）、检测每条scaffold序列中的简单重复序列位点，在SSR位点两侧设计引物，合成；4）、特异标记筛选；5）、标记多态性检测。SSR特异分子标记的核苷酸序列为：SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.78所示的序列。优点：1、位置明确、特异性强；2、与抗病候选基因距离极其紧密。 | ||
| 搜索关键词： | 普通 小麦 抗病 序列 基因组 ssr 特异 分子 标记 开发 方法 | ||
【主权项】：
一种基于普通小麦抗病序列的全基因组SSR特异分子标记开发方法，其特征为包括以下操作步骤：1）、本地数据库构建：下载普通小麦品种蛋白数据和全基因数据，建立本地数据库；2）、目的序列获得及检测：利用已克隆抗病类家族基因得到的隐马尔可夫模型文件检索小麦蛋白数据，所得序列经结构域检测筛选出包含目标抗病结构的完整编码蛋白序列，根据小麦蛋白序列的染色体分布图选出位于某一染色体上的序列，将这些序列检索本地全基因组数据库得到相应的基因组序列片段scaffold；3）、SSR位点确定及标记开发：检测每条scaffold序列上的简单重复序列位点，在SSR位点两侧设计引物，合成核苷酸序列，得到相应的SSR分子标记。
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于山西省农业科学院作物科学研究所，未经山西省农业科学院作物科学研究所许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201510761636.2/，转载请声明来源钻瓜专利网。
