[发明专利]用于孔石莼LAMP-LFD检测的引物和探针序列

摘要

本发明公开了用于孔石莼LAMP‑LFD检测的引物和探针序列，特点是根据基因库登录号为HQ902008的孔石莼内转录间隔区序列的编码序列设计LAMP的三对引物序列和一条探针序列，引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑6所示，探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示，利用上述的引物和探针，通过LAMP反应体系扩增步骤，探针杂交LAMP反应产物步骤，使用LFD检测步骤实现孔石莼的检测，优点是检测速度快，检测成本低，检测灵敏度和准确性高。 1

主权项

1.一种用于孔石莼LAMP‑LFD检测的引物和探针序列，其特征在于根据基因库登录号为HQ902008的孔石莼内转录间隔区序列的编码序列设计LAMP的三对引物序列和一条探针序列，引物序列具体如下：

UpeITS‑F3：5’‑ TAGCCTCACCTGAACTCAG‑3’

UpeITS‑B3：5’‑ ACGGATATCTCGGCTCTC‑3’，

UpeITS‑FIP：5’‑ CGGCTGAAATACAGAGGCTCGTATCCTTCGTGGCTCACA‑3’，

UpeITS‑BIP：5’‑ GTTATTCCGACGCTGAGGCAGCAGAATTCCGTGAGTCAT‑3’，

UpeITS‑LF：5’‑ TAGGTAGCTCGCTACTCCTAC‑3’，

UpeITS‑LB：5’‑ GTGGTCTCATCCGAAGACTC‑3’， UpeITS‑FIP的5’端为生物素标记；

探针序列如下：

UpeITS‑HP：5’‑GCAAGCGCGTGAGGGGTTAT‑3’，5’端为异硫氰酸荧光素标记。

2.根据权利要求1所述的用于孔石莼LAMP‑LFD检测的引物和探针序列，其特征在于引物工作的LAMP反应体系：反应体系各成分的终浓度分别为：外引物UpeITS‑F3和UpeITS‑B3各0.2 µmol/L，内引物UpeITS‑FIP和UpeITS‑BIP各1.6 µmol/L，环引物UpeITS‑LF和UpeITS‑LB各0.4 µmol/L，dNTPs 1.4mmol/L，pH 8.8的Tris‑HCl 20mmol/L，KCl 10mmol/L，MgSO₄ 6.5mmol/L，(NH4)₂SO₄ 10mmol/L，Triton X‑100 0.1%，8U Bst DNA聚合酶大片段和2 µL样品模板，加双蒸水使反应体系总体积为25 µl。

3.根据权利要求1或2所述的用于孔石莼LAMP‑LFD检测的引物和探针序列，其特征在于LAMP 反应条件：将上述反应体系进行扩增反应，扩增反应温度为63℃，扩增反应时间为50 min。