[发明专利]蛋白质三维结构中金属离子结合位点单配体残基模板库的建立方法及基于此的预测方法

摘要

一种蛋白质三维结构中金属离子结合位点单配体残基模板库的建立方法及基于此的预测方法，该方法开发了一种以天然存在的单配体残基金属结合态为模板，以关键几何量D、G、C值为模板与潜在配体残基是否匹配的检索筛选条件之一，以先由潜在第一、第二配体残基确定金属的可能位置，再逐步加入其他配体残基的搜索筛选策略，以计算预测位点与天然和标准位点构象偏差Deviation值为计分法的最后总排序筛选方式的新方法。并且，本发明以锌位点预测为例，对该方法的预测性能进行了检测，得到了优于现有其他方法的良好预测效果。

主权项

1.一种蛋白质三维结构中金属离子结合位点单配体残基模板库的建立方法，其特征在于，包括以下步骤：收集蛋白质三维结构中金属离子结合位点的单残基匹配信息；从获得的所述匹配信息中提取蛋白质链上规则的金属结合位点局域结构；分解所述金属结合位点，建立单配体残基与金属离子相对空间位置关系的模板库；计算每个单配体残基模板的D、G、C值，按残基和金属离子M类型分类去冗余，建立非冗余的单配体残基模板库；其中，D值＝金属离子M与单配体残基Cβ原子的距离；G值＝M‑Cβ‑Cα三原子形成的夹角；C值＝M‑Cβ‑Cα‑C四原子形成的二面角；Cβ、Cα、C均为同一单配体残基上原子；统计所述金属离子可结合的配体残基及第一配位层原子类型，以及天然态的空间几何物理量分布；以及依据单配体残基类型，对建立的所述单残基匹配组合模板库进行分类。