[发明专利]一种对异质网络中的节点进行聚类的方法有效
申请号: | 201510823808.4 | 申请日: | 2015-11-24 |
公开(公告)号: | CN105512511B | 公开(公告)日: | 2018-07-06 |
发明(设计)人: | 谢茂强;徐英杰;张耀功;韩芳宇;黄亚楼;刘杰;何志成 | 申请(专利权)人: | 南开大学 |
主分类号: | G06F19/24 | 分类号: | G06F19/24 |
代理公司: | 天津市北洋有限责任专利代理事务所 12201 | 代理人: | 李林娟 |
地址: | 300071*** | 国省代码: | 天津;12 |
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摘要: | 本发明公开了一种对异质网络中的节点进行聚类的方法,该聚类方法属于数据挖掘、生物信息领域,该聚类方法包括以下步骤:根据异质节点间的关联关系数据,构建相邻两层节点间关联矩阵;对于具有层次结构的节点,根据节点间的层次关联关系,构建不同层次的节点内层次关联矩阵;以节点间关联矩阵和节点内层次关联矩阵作为输入,构建一致性多非负矩阵分解模型,并进行优化,得到节点聚类矩阵;对节点聚类矩阵进行归一化处理,若节点与簇的相关性大于给定阈值,则认为该节点属于该簇,完成对节点的聚类。本发明实现了对异质节点间多层关联关系和节点内层次关联关系进行建模,达到了很好的节点聚类效果。 | ||
搜索关键词: | 聚类 关联矩阵 关联关系 节点聚类 构建 矩阵 异质网络 异质 归一化处理 层次结构 多层关联 非负矩阵 生物信息 数据挖掘 建模 两层 分解 优化 | ||
【主权项】:
1.一种对异质网络中的节点进行聚类的方法,其特征在于,所述聚类的结果可应用于数据挖掘或生物信息领域中,该方法包括以下步骤:根据异质网络中异质节点间的关联关系数据,构建相邻两层节点间关联矩阵;对于具有层次结构的节点,根据节点间的层次关联关系,构建不同层次的节点内层次关联矩阵;以节点间关联矩阵和节点内层次关联矩阵作为输入,构建一致性多非负矩阵分解模型,并进行优化,得到节点聚类矩阵;对节点聚类矩阵进行归一化处理,若节点与簇的相关性大于给定阈值,则认为该节点属于该簇,完成对异质网络中的节点的聚类;当应用于生物信息领域中的挖掘基因功能模块时,该方法具体包括:根据基因和表型本体间的关联关系数据,构建基因‑表型本体关联矩阵;根据表型本体层次间的关联关系,构建不同层次的表型本体间的层次关联矩阵;以基因‑表型本体关联矩阵、表型本体间的层次关联矩阵作为输入,构建一致性多非负矩阵分解模型,并进行优化,得到基因聚类矩阵;对基因聚类矩阵进行归一化处理,若某个基因与特定簇的关系值大于特定阈值,则认为该基因属于该簇,每一簇中的一组基因构成一个基因功能模块;其中,基因‑表型本体关联矩阵定义如下:根据基因和表型本体的关联关系数据,分别构建同一组基因与两个层次中表型本体的关联矩阵,分别记为A1和A2,其中若基因i和表型j存在已知关联,则对应的Aij=1,否则Aij=0。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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