[发明专利]一种预测两种疾病共同致病基因的方法

摘要

本发明提供了一种预测两种疾病共同致病基因的方法，包括以下步骤：分别收集已知的两种疾病的致病基因，及获取该两种疾病的蛋白作用网络；寻找上述两种疾病的致病基因对应的蛋白在蛋白网络中的位置；基于位置进行基因扩展后从扩展基因中的重叠基因中寻找得到两种疾病的共同致病基因。该方法通过在两种疾病的基因对应的蛋白作用网络图中进行基因扩展，并在扩展基因中的共同基因中选取两种疾病的共同致病基因，并在预测过程中应用了随机游走方法、基因集富集分析法及超几何检验法，使得共同致病基因的选取更加准确。本发明方法能够预测可能影响到两种疾病的关键驱动基因，可实现精准医疗。

主权项

1.一种预测两种疾病共同致病基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1：分别收集已知的两种疾病的致病基因，及获取该两种疾病的蛋白作用网络；S2：寻找上述两种疾病的致病基因对应的蛋白在所述蛋白网络中的位置；S3：基于所述位置进行基因扩展后从扩展基因中的重叠基因中寻找得到两种疾病的共同致病基因；所述步骤S1具体包括：分别选取两种疾病的已知致病基因作为种子基因集a和b，种子基因集a内包含疾病A的若干个种子基因，种子基因集b内包含疾病B的若干个种子基因；所述步骤S2具体包括：根据两种疾病已知的蛋白作用网络绘制以所述种子基因集a和b为核心的蛋白作用网络图；所述步骤S3具体包括：S31：以每个所述种子基因为起点，在所述蛋白作用网络中进行基因扩展以得到扩展基因，并赋予每个所述扩展基因一个分值，所述分值与其所属的扩展基因对应的疾病相关性的强弱相关；S32：将所述扩展基因依据分值大小进行由高到低的排序；S33：从所述排序中的最大值开始依次计算每个扩展基因的加和，对任意一个扩展基因i，若其为种子基因集a中的种子基因扩展得到的，且其计算加和时，加和中包括任意一个种子基因集b的扩展基因，则对扩展基因i进行加分，加和中不包括任意一个种子基因集b的扩展基因，则对扩展基因i进行减分；对任意一个扩展基因i，若其为种子基因集b中的种子基因扩展得到的，且其计算加和时，加和中包括任意一个种子基因集a的扩展基因，则对扩展基因i进行加分，加和中不包括任意一个种子基因集a的扩展基因，则对扩展基因i进行减分；S34：依据分值的预设阈值分别选取加和后的两种疾病的扩展基因；S35：选取步骤S34中得到的两种疾病的扩展基因中的重叠基因；S36：对所述重叠基因进行筛选，得到两种疾病的共同致病基因。