[发明专利]用于生成和分析耐药基因组概况的系统、装置和方法

摘要

公开了用于生成个体的耐药基因组概况、监测一名或多名个体的感染和/或鉴定机构的潜在感染爆发的系统、装置和方法，其例如通过以下方式进行获得代表来自第一样品的生物的抗生素耐药性的至少一种量度的第一数据，鉴定所述生物，确定抗生素敏感性表型、抗生素耐药基因的身份和所述生物对其不敏感的抗生素中的至少一者，生成第一模式并与至少一种已知模式比较以确定和生成概况唯一性标识符，所述概况唯一性标识符指示所述第一模式和所述至少一种已知模式之间的相似度高于阈值。

主权项

用于生成耐药基因组概况的系统，所述系统包括：至少一个通信接口；至少一个用于存储处理器可执行指令的存储器；和至少一个处理器，其与所述至少一个通信接口和所述至少一个存储器通信连接，其中在执行所述处理器可执行指令时，所述至少一个处理器：获得代表来自第一样品的生物的抗生素耐药性的至少一种量度的第一数据；基于至少所述第一数据鉴定所述生物；基于至少所述第一数据确定以下中的至少一者：抗生素敏感性表型、抗生素耐药基因身份和所述生物对其不敏感的抗生素；生成与所述第一样品相关的第一模式，所述第一模式包括：生物标识码，其指示基于所述第一数据鉴定的生物；和以下的至少一者：表型代码，其指示从所述第一数据确定的抗生素敏感性表型；基因型代码，其指示从所述第一数据确定的抗生素耐药基因身份；和敏感性代码，其指示从所述第一数据确定的所述生物对其不敏感的抗生素；比较所述第一模式与至少一种已知模式；确定所述第一模式与所述至少一种已知模式之间的相似度高于阈值；生成概况唯一性标识符，其指示所述第一模式与所述至少一种已知模式之间的所述相似度高于所述阈值；并且基于至少所述第一模式和所述概况唯一性标识符而生成第一耐药基因组概况。