[发明专利]用于核酸合成的修饰的核苷酸、含此类核苷酸的试剂盒及其用于生产合成的核酸序列或基因的用途

摘要

本发明提供了一种旨在用于通过酶法合成长链核酸的修饰的核苷酸，其包含“天然”含氮碱基或天然含氮碱基类似物、核糖或脱氧核糖碳水化合物和至少一个磷酸酯基团，其特征在于所述核苷酸包含至少一个被称为修饰物基团的R基团，所述基团由所述天然含氮碱基或类似物和/或由所述核糖或脱氧核糖分子的3’位置中的氧携带，使其能够在核酸合成期间阻断所述核苷酸的聚合和/或允许所述核苷酸与另一个分子例如蛋白质相互作用，R包含至少一个功能性末端基团。

主权项

一种旨在用于核酸的酶法合成的修饰的核苷酸，其包含“天然”含氮碱基或天然含氮碱基类似物、核糖或脱氧核糖碳水化合物以及至少一个磷酸酯基团，其特征在于它包含至少一个被称为修饰物基团的R或R’基团，所述基团：‑由所述天然含氮碱基或类似物携带，‑和/或由所述核糖或脱氧核糖分子的3’位置中的氧携带，使其能够在核酸合成期间阻断所述核苷酸的聚合和/或允许所述核苷酸与不同于另一个核苷酸的另一个分子例如蛋白质相互作用，R包含至少一个功能性末端基团，所述核苷酸采取下面式(I)、(III)和(IV)之一的形式：其中：(PP)PO表示单、二或三磷酸酯基团，(OH)描述了核糖或脱氧核糖分子的可能性，T是氢或选自下列的可切割原子团：‑NH2；‑N3；‑(C＝O)H；‑CnH2n+1，其中n在1至30之间，优选在1至12之间；‑三甲基甲硅烷基；‑磷酸酯；‑SO3；‑(C＝O)OCnH2n+1，其中n在1至30之间，优选在1至12之间；‑(C＝O)SCnH2n+1，其中n在1至30之间，优选在1至12之间；‑硝基苯；‑苯甲基；‑卤代苯甲基；‑酰胺；‑碳酸酯；‑苯甲酰基；‑过氧基；‑腈；‑硫醇；‑酰亚胺；‑氨基甲酸酯；‑氰酸酯；‑炔；‑苯基；‑卤代苯基；‑吡啶甲基；任选地存在的M是共价键合到Q和Z的基团，M选自烷基、烯基、炔基、芳基、烷芳基、杂芳基、酰基、烷氧基、烷基氨基、烷氧基氨基、酰胺基、烷基酰亚胺基、烯基酰亚胺基、芳基酰亚胺基、氟代烷基、烷基磷酸酯、烷基硫基、硫代酰基、烷基磺酰基、芳基磺酰基、烷基亚磺酰基、烷基铵、烷基锍、烷基甲硅烷基、烷基羰基、烷基carbanyl、烷基氨甲酰基或烷基羟基氨基，Z是可切割基团，选自–O‑、‑S‑、＝SH‑、＝S＝、≡S‑、‑SiH2‑、＝SiH‑、＝Si＝、≡Si‑、‑Se‑、＝SeH‑、≡Se‑、＝Se＝、‑SeH2‑、‑PH‑、＝P‑、＝PH＝、≡P＝、≡PH‑、‑PH3‑、‑AsH‑、＝As‑、＝AsH＝、≡As＝、≡AsH‑、‑ASH3‑、胺、酯、甲硅烷基、烷基、苯甲基、硝基苯甲基、酰胺、碳酸酯、苯甲酰基、过氧基、腈、硫醇、酰亚胺、氨基甲酸酯、氰酸酯、羟胺、亚砜、磺酸酯、硫代亚磺酸酯、硫酯、酰基卤、次碘酸基、炔、卤代苯基、卤代苯甲基、吡啶甲基、二醇或二硫化物，或者当M是–硝基苯甲基‑、–硝基甲苯基‑、–硝基二甲苯基‑、–硝基萘基‑或–硝基苯基‑时，选自‑CH2或–NH‑，Q是R或R’基团的末端官能团或效应基团，Q选自生物素、蛋白质、序列确定的多核苷酸、碳水化合物、抗原、激素、神经递质、糖苷例如地高辛、含硫特别是带有硫醇官能团的原子团例如谷胱甘肽或双配位基配体例如邻苯二酚，R和R’可能独立或同时存在，并且当R和R’同时存在时：Z基团也许相同或不同，M基团也许相同或不同，Q基团也许相同或不同，“碱基”表示选自腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤或尿嘧啶的“天然”含氮碱基，或天然含氮碱基类似物，例外的是当R’存在并且Q包含生物素时不表示胸腺嘧啶。