[发明专利]使用靶基因表达的数学建模评价TGF-β细胞信号传导途径的活性

摘要

本发明涉及一种基于受试者样品中测得的TGF‑β细胞信号传导途径的三个或更多个靶基因的表达水平，推断受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性的计算机执行方法。本发明还涉及一种推断受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性的装置、一种非临时性存储介质以及一种推断受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性的计算机程序。本发明还涉及一种测量受试者样品中的TGF‑β细胞信号传导途径的三个或更多个靶基因的表达水平的试剂盒，一种推断受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性的试剂盒，以及所述试剂盒执行此方法的用途。

主权项

一种通过数字处理设备执行的、推断受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性的计算机执行方法，其中所述推断包括：接收受试者样品中测得的TGF‑β细胞信号传导途径的三个或更多个靶基因的表达水平；确定受试者样品中TGF‑β转录因子(TF)元件的活性水平，所述TGF‑βTF元件控制所述三个或更多个TGF‑β靶基因的转录，所述确定基于评估将所述三个或更多个TGF‑β靶基因的表达水平与TGF‑βTF元件的活性水平关联的校准数学模型；基于所确定的所述受试者的样品中的TGF‑βTF元件的活性水平推断所述受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性，其中所述三个或更多个TGF‑β靶基因选自：ANGPTL4、CDC42EP3、CDKN1A、CDKN2B、CTGF、GADD45A、GADD45B、HMGA2、ID1、IL11、SERPINE1、INPP5D、JUNB、MMP2、MMP9、NKX2‑5、OVOL1、PDGFB、PTHLH、SGK1、SKIL、SMAD4、SMAD5、SMAD6、SMAD7、SNAI1、SNAI2、TIMP1和VEGFA，优选选自：ANGPTL4、CDC42EP3、CDKN1A、CTGF、GADD45A、GADD45B、HMGA2、ID1、IL11、JUNB、PDGFB、PTHLH、SERPINE1、SGK1、SKIL、SMAD4、SMAD5、SMAD6、SMAD7、SNAI2和VEGFA，更优选选自：ANGPTL4、CDC42EP3、CDKN1A、CTGF、GADD45B、ID1、IL11、JUNB、SERPINE1、PDGFB、SKIL、SMAD7、SNAI2和VEGFA，最优选选自：ANGPTL4、CDC42EP3、ID1、IL11、JUNB、SERPINE1、SKIL和SMAD7。