[发明专利]用于核酸单克隆簇的产生和测序的方法和阵列

摘要

用于在固体表面上特别是在微阵列中的孔中捕获和扩增靶多核苷酸的方法，其中所述微阵列可包括a)基底，所述基底包括至少一个孔、围绕孔的表面和内部孔表面；b)第一层，所述第一层覆盖内部孔表面并包含至少一种第一捕获引物对；以及c)第二层，所述第二层覆盖第一层和围绕孔的表面。可选地，微阵列可包括：a)基底，所述基底包括至少一个孔、围绕孔的表面和内部孔表面；以及b)层，所述层覆盖内部孔表面并包含至少一种第一捕获引物对和至少一种第二捕获引物对。特别地，动力学排除扩增用于在孔中产生核酸的单克隆群体。本申请还公开了一种用于修饰固定的捕获引物的方法，所述方法包括：a)使包含多种固定的捕获引物的基底与多种模板核酸接触以产生一种或更多种固定的模板核酸，其中多种固定的捕获引物包括第一多种引物和第二多种引物，所述第一多种引物包含3’‑末端通用捕获区域Y例如引物P5，所述第二多种引物包含3’‑末端通用捕获区域Z例如引物P7；并且其中每一种模板核酸侧翼为5’‑末端和3’‑末端通用捕获区域Y或Z，并且包含一个或更多个限制性位点例如SapI和在一个或更多个限制性位点和3’‑末端通用捕获区域之间的靶标特异性捕获区域；以及b)延伸一种或更多种固定的捕获引物。最后，本申请公开了一种用于修饰固定的捕获引物的方法，所述方法包括：a)使包含多种固定的捕获引物的基底与多种不同的种子核酸接触，以产生多种不同的固定的种子核酸；b)延伸两种或更多种固定的捕获引物以产生与多种不同的固定的种子核酸中的两种或更多种互补的多种不同的固定的延伸产物；以及c)活化多种不同的固定的延伸产物的一种固定的延伸产物，以形成活化的捕获引物。