[发明专利]预测实验油棕榈植物棕榈油产量的方法和SNP检测试剂盒

摘要

公开了用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法。所述方法包括：从群体的实验油棕榈植物的样品确定至少第一SNP基因型，所述第一SNP基因型对应于第一SNP标记，所述第一SNP标记位于用于高产油量性状的第一QTL中，并且在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少4.0的全基因组‑log10(p值)与高产油量性状相关联，或者相对于与所述第一SNP标记连锁的第一其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r2值，所述第一其他SNP标记在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少4.0的全基因组‑log10(p值)与高产油量性状相关联。所述方法还包括将所述第一SNP基因型与相应的第一参考SNP基因型进行比较，并基于SNP基因型的匹配程度预测所述实验植物的棕榈油产量。

主权项

一种用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法，所述方法包括以下步骤：(i)从油棕榈植物群体的实验油棕榈植物的样品确定所述实验油棕榈植物的至少第一单核苷酸多态性(SNP)基因型，所述第一SNP基因型对应于第一SNP标记，所述第一SNP标记(a)位于用于高产油量性状的第一数量性状基因座(QTL)中，并且(b)在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少4.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联，或者相对于与所述第一SNP标记连锁的第一其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r2值，所述第一其他SNP标记在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少4.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联；(ii)将所述实验油棕榈植物的所述第一SNP基因型与在与所述群体相同遗传背景下指示所述高产油量性状的相应的第一参考SNP基因型进行比较；以及(iii)基于所述实验油棕榈植物的所述第一SNP基因型与所述相应的第一参考SNP基因型的匹配程度来预测所述实验油棕榈植物的棕榈油产量，其中所述第一QTL是对应于以下中的一个的油棕榈基因组的区域：(1)QTL区域1，从染色体1的核苷酸66542323延伸至66776312；(2)QTL区域2，从染色体1的核苷酸66807385延伸至67299617；(3)QTL区域3，从染色体2的核苷酸62277032延伸至62355782；(4)QTL区域4，从染色体4的核苷酸31132787延伸至31173962；(5)QTL区域5，从染色体5的核苷酸32863621延伸至32964104；(6)QTL区域6，从染色体5的核苷酸33355931延伸至33509217；(7)QTL区域7，从染色体5的核苷酸33658904延伸至34233352；(8)QTL区域8，从染色体5的核苷酸34358119延伸至34997228；(9)QTL区域9，从染色体5的核苷酸35004388延伸至35125743；(10)QTL区域10，从染色体5的核苷酸35191678延伸至35193677；(11)QTL区域11，从染色体5的核苷酸36108847延伸至36272808；(12)QTL区域12，从染色体5的核苷酸39210662延伸至39225076；(13)QTL区域13，从染色体5的核苷酸39518005延伸至40469897；(14)QTL区域14，从染色体5的核苷酸40535309延伸至40690150；(15)QTL区域15，从染色体5的核苷酸40789706延伸至40983955；(16)QTL区域16，从染色体5的核苷酸41001085延伸至41302446；(17)QTL区域17，从染色体8的核苷酸3050807延伸至3241977；(18)QTL区域18，从染色体8的核苷酸5354764延伸至5445890；(19)QTL区域19，从染色体9的核苷酸29488933延伸至29602300；(20)QTL区域20，从染色体11的核苷酸4797284延伸至5717606；或(21)QTL区域21，从染色体15的核苷酸8611715延伸至8857914。