[发明专利]一种全局比对的蛋白互作网络融合方法

摘要

本发明公开了一种全局比对的蛋白互作网络融合方法，其特征在于它分为序列比对，节点提取和网络融合三个步骤；其中将需要融合的两个网络中，一个作为目标网络，另一个作为质询网络，网络融合时先建立两网络中节点的关系，即两个网络中的序列同源关系，然后以一对相互作用关系为单位，从目标网络中提取出重合的互作关系或者添加目标网络中不存在的互作关系，最后形成融合的蛋白互作网络，本发明进一步公开了公开的全局比对的蛋白互作网络融合方法在构建新的凡纳滨对虾蛋白互作网络方面的应用。

主权项

一种全局比对的蛋白互作网络融合方法，其特征在于它分为序列比对，节点提取和网络融合三个步骤；其中将需要融合的两个网络中，一个作为目标网络，另一个作为质询网络，网络融合时先建立两网络中节点的关系，即两个网络中的序列同源关系，然后以一对相互作用关系为单位，从目标网络中提取出重合的互作关系或者添加目标网络中不存在的互作关系，最后形成融合的蛋白互作网络，网络融合的步骤为：（1）序列比对：比对目标网络和质询网络中的节点序列，以目标网络中的序列数据作为数据库，比对时期望值（E值）为1e‑005；（2）节点提取：分析比对结果，认为质询网络中的序列与目标网络中满足E值为1e‑005的条件，且第一个匹配的序列，即相似度最高的序列是同源的，提取目标网络和质询网络中所有具有同源关系的序列及其在目标网络和质询网络中的互作关系；（3）网络融合：将质询网络中的互作数据和目标网络的互作数据进行融合，以一个相互作用关系为单位进行比对，融合过程分为以下三种情况：（a）一个相互作用的两个节点序列都被认定为同源关系时，直接提取目标网络互作数据，融合网络中对应节点的序列名称采用目标网络中的序列名称,其中C‑D；（b）只有一个节点序列被认定为同源关系时，融合网络中对应节点的序列名称采用目标网络中的序列名称，并同时添加与之相互作用的目标网络和质询网络中的序列的D‑E和D‑f；（c）若两个节点没有被认定为同源关系时，则在融合网络中添加质询网络中的序列及其相互作用。