[发明专利]一种甲型流感病毒快速分型与分析流程

摘要

本发明属于生物技术领域，它确立了一种甲型流感病毒快速分型与分析流程，可以快速、准确对甲型流感病毒进行分型、分析和遗传进化研究，其包含3个技术要点：（1）筛选了适合进行甲型流感病毒分型的参考序列；（2）构建了甲型流感病毒分型与序列分析方法；（3）实现了序列分析的并行化与自动化。该发明能够满足各类疫病预防控制机构和研究院所开展流感病毒的流行病学调查和遗传变异研究。

主权项

1.一种甲型流感病毒快速分型与分析方法，其特征在于，所述的方法包括如下的步骤：1)参考序列筛选从GenBank严格筛选了35条甲型流感病毒序列作为参考序列，这35条参考序列GenBank中的GI号分别为：632806741、78068066、532807789、78096245、111380029、87246946、82654842、82653160、755186245、82654033、82654109、82654166、82653631、324045、82654794、56425020、378734921、550600211、73763199、71564694、78103389、78097082、78095720、78097649、82629291、78069952、78070102、378734925、550600215、71564691、78706393、755180760、77747316、77747318、71568559；2)分型分型流程通过将待分析序列Query序列与参考序列Ref序列进行BLAST比对，根据比对结果中Query序列与Ref序列的同源性进行分析，选取最优的比对结果作为分型判定依据；同时对将待分析序列Query序列与参考序列Ref序列局部的比对结果进行同源性计算；首先，对原始BLAST结果进行过滤，过滤掉比对长度小于50bp，并且同源性identity值小于50的比对；然后，通过Query序列比对到Ref序列的位置信息，将两条序列的多个比对结果进行合并，并计算Query序列与Ref序列的覆盖比率；设定一条Query序列长度length为Q，比对到的参考序列长度length为R，二者之间的比对长度为L；最终设定阈值为当待分析序列的覆盖比率Query coverage或者参考序列的覆盖比率Ref coverage值大于60％时，则Query序列与Ref序列为相同的基因或亚型。