[发明专利]制备候选测序探针集的方法、装置及其应用

摘要

本发明公开了制备候选测序探针集的方法、装置及其应用，其中，制备候选测序探针集的方法包括：(1)基于参考基因组的目标mRNA序列设计探针，构建候选探针集合；(2)将候选探针集合与参考基因组的目标mRNA序列进行比对；(3)基于比对结果，对候选探针集合中的所有候选探针进行筛选；(4)针对参考基因组目标mRNA中的高度同源基因设计得到相同的探针；(5)合并特异性探针集和针对高度同源基因的探针。利用该方法能够有效地获得针对参考基因组全部mRNA的候选测序探针集，进而，基于其能够有效制备获得转录组文库特异性测序引物组，利用该测序引物组进行转录组测序，测序结果及确定的转录本序列准确可靠、数据偏向性低。

主权项

一种制备候选测序探针集的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)基于参考基因组的目标mRNA序列，以20bp为窗口，10bp为步长设计探针，构建候选探针集合；(2)将所述候选探针集合中的所有候选探针与所述参考基因组的目标mRNA序列进行比对，以便获得比对结果；(3)基于所述比对结果，对所述候选探针集合中的所有候选探针进行筛选，以便得到特异性探针集，其中所述筛选包括：去除比对到除自身以外的mRNA的位置且连续比对上的长度大于10bp且错配小于等于2的候选探针；(4)针对所述参考基因组目标mRNA中的高度同源基因，按照步骤(1)的方法设计得到相同的探针，以便得到针对高度同源基因的探针；(5)合并所述特异性探针集和所述针对高度同源基因的探针，以便获得所述候选测序探针集。