[发明专利]一种人类基因启动子识别方法和系统有效

专利信息
申请号: 201610076071.9 申请日: 2016-02-03
公开(公告)号: CN105550538B 公开(公告)日: 2018-06-01
发明(设计)人: 徐文轩;张莉;李凡长;王邦军;张召 申请(专利权)人: 苏州大学
主分类号: G06F19/24 分类号: G06F19/24
代理公司: 北京集佳知识产权代理有限公司 11227 代理人: 常亮
地址: 215123 江苏*** 国省代码: 江苏;32
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摘要: 本申请公开了一种人类基因启动子识别方法和系统。该方法在获取人类基因训练样本后,基于启动子与三个非启动子之间的对称散度,从所有N联体集合中确定最具有分辨率的N联体集合。进而,利用具有分辨率的N联体集合完成对分类器的训练,并利用训练后的分类器对人类基因测试样本进行识别。与先有技术相比,本发明采用对称散度作为述启动子和非启动子的之间的距离度量,由于对称散度的对称性,因而其作为距离度量的测量精度更高,从而提高了对启动子的识别度。
搜索关键词: 启动子 人类基因 联体 散度 对称 集合 距离度量 非启动 分类器 分辨率 测试样本 训练样本 识别度 测量 申请
【主权项】:
1.一种人类基因启动子识别方法,其特征在于,包括:获取人类基因训练样本,其中所述训练样本包括启动子基因序列、外显子基因序列、内含子基因序列以及3'-UTR基因序列;计算所有N联体集合中每个N联体在所述启动子基因序列、所述外显子基因序列、所述内含子基因序列以及所述3'-UTR基因序列中概率密度;根据所述概率密度,分别计算所述启动子基因序列中的N联体与所述外显子基因序列的中N联体的第一对称散度,所述启动子基因序列中N联体与所述内含子基因序列中N联体的第二对称散度,以及所述启动子基因序列中N联体与所述3'-UTR基因序列中N联体的第三对称散度;基于预设优化算法,依据所述第一对称散度从所有N联体中选择最具分辨率的第一N联体集合,依据所述第二对称散度从所有N联体中选择最具分辨率的第二N联体集合,以及依据所述第三对称散度从所有N联体中选择最具分辨力的第三N联体集合;分别利用所述第一N联体集合、所述第二N联体集合以及所述第三N联体集合,对分类器进行训练,得到启动子-外显子分类器、启动子-内含子分类器以及启动子-3'-UTR分类器;利用所述启动子-外显子分类器、所述启动子-内含子分类器以及所述启动子-3'-UTR分类器对人类基因测试样本进行识别,基于三个分类器的输出结果,判断人类基因训练样本是否为启动子。
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