[发明专利]一种特定癌症差异表达基因调控网络的构建方法

摘要

本发明公开了一种特定癌症差异表达基因调控网络的构建方法，包括如下步骤：步骤一、根据基因间的功能相似性权值，构建骨架基因互作网络；步骤二、采用分割法，对骨架基因互作网络进行模块划分；步骤三、使用全基因甲基化数据筛选差异表达基因；步骤四、将筛选出来的差异表达基因按照功能进行归类；步骤五、将所有映射到相同功能模块的差异表达基因作为一个功能分类；步骤六、在对每一个功能分类中的所有基因构建调控网络；步骤七、在骨架网络的指导下进行子网络拼装。本发明大大降低了计算的复杂度并且有较高的精度。

主权项

1.一种特定癌症差异表达基因调控网络的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤一、根据基因间的功能相似性权值，构建骨架基因互作网络；步骤二、采用分割法，对骨架基因互作网络进行模块划分；步骤三、使用全基因甲基化数据筛选差异表达基因；步骤四、将筛选出来的差异表达基因按照功能进行归类；步骤五、将所有映射到相同功能模块的差异表达基因作为一个功能分类；步骤六、对每一个功能分类中的所有基因构建子调控网络；步骤七、在骨架网络的指导下进行子调控网络拼装；其中，步骤一中，两个基因Gi、Gj间权值W(Gi,Gj)表示为： W ( G i , G j ) = 1 m &Sigma; n = 1 m Sim n ( G i , G j ) ]]>其中，m表示与基因相关信息的种类数，Simn(Gi,Gj)表示在某种信息注释下的相似值，表示为： Sim n ( G i , G j ) = | N i &cap; N j | | N i &cup; N j | , ( n &Element; ( 1 , 2 , 3 , ... , m ) ) ]]>其中，|Ni∩Nj|表示在某种注释信息下任意两基因间共同的该信息的个数，|Ni∪Nj|表示两基因所含有的注释信息总数；步骤二中的分割法为：对骨架网络中所有边，按照权值大小进行排序，然后依次选择权值最小的边删除，在删除过程中对网络中的模块数量、模块的节点数、边数、模块聚类系数进行衡量，直到得到满足要求的模块划分为止；步骤三中，采用T检验，得到t分布 t = x &OverBar; c a s e - x &OverBar; c o n t r o l s c a s e 2 / n 1 + s c o n t r o <