[发明专利]一种批量计算LTR-反转座子插入时间的方法

摘要

本发明公开了一种批量计算LTR‑反转座子插入时间的方法，具体步骤包括：将待测LTR‑反转座子的LTRs序列放到一个文本文件中，命名为INPUT，INPUT文件需为fasta格式，并且LTR‑反转座子两侧LTRs序列的ID以“|LTR1”或“|LTR2”结尾，运行事先编写的脚本即得到结果文件Insert_time，即为LTR‑反转座子的插入时间。本发明所述的LTR‑反转座子插入时间的计算方法速度快，效率高，实现了批量化、自动化和流程化计算。

主权项

一种批量计算LTR‑反转座子插入时间的方法，其特征在于，具体步骤如下：将待测LTR‑反转座子的LTRs序列放到一个文本文件中，命名为INPUT，INPUT文件为fasta格式，并且LTR‑反转座子两侧LTRs序列的ID以“|LTR1”或“|LTR2”结尾，运行脚本1即得到结果文件Insert_time，运行命令为：perlEvolution_time_cal.pl；所述脚本1，是基于如下方法进行编程：(1)假设A数据集有X组LTR‑反转座子的LTRs序列，那么，首先脚本1将X组LTR‑反转座子的LTRs序列分别放到X个文件中，以序列ID的前半部分命名，然后脚本1将X个文件放到当前目录下新建的MUSCLE_IN目录里，为下一步的序列比对做准备；(2)将MUSCLE_IN目录中的文件用MUSCLE批量进行序列比对，将输出结果文件自动放到MUSCLE_OUT目录里，文件名采用与输入文件相同的名字；(3)将MUSCLE比对结果进行处理，剔除序列中“N”和空位插入“‑”的位置，计算突变的碱基数目和总碱基数目及突变碱基所占比例λ(当λ大于0.75时将判为无效)，再根据K＝‑0.75ln(1‑4λ/3)计算遗传距离K，最后以T＝K/2r得到进化时间，单位为百万年；其中，r是平均每年每个位点碱基替换数，为1.3×10^‑8，最终结果储存在Insert_time文件中。