[发明专利]一种可在细菌全基因组水平预测外膜蛋白质的方法在审
| 申请号： | 201610228308.0 | 申请日： | 2016-04-11 |
| 公开（公告）号： | CN105930687A | 公开（公告）日： | 2016-09-07 |
| 发明（设计）人： | 邹凌云;陈抗;钟蔚 | 申请（专利权）人： | 中国人民解放军第三军医大学 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 北京国坤专利代理事务所(普通合伙) 11491 | 代理人： | 姜彦 |
| 地址： | 400038 重*** | 国省代码： | 重庆;50 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明公开了一种可在细菌全基因组水平预测外膜蛋白的方法，该方法为：利用分组重量编码算法，计算蛋白质序列特征，采用特征选择技术提取特征向量，建立基于支持向量机的分类器，对外膜蛋白质和非外膜蛋白质进行分类，通过web服务器，接受用户输入的蛋白质序列，预测其是否为一个外膜蛋白。本发明为细菌基因组内外膜蛋白质的计算机筛选提供了有效工具，在训练数据集上区分外膜蛋白质和非外膜蛋白的敏感性、特异性、总预测精度和马氏相关系数分别达到95.2％、96.1％、95.9％和0.874，在13个物种基因组内预测外膜蛋白质的结果中体现出极高的敏感性，可应用于新的细菌基因组外膜蛋白质的筛选、鉴定和功能研究。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 细菌 基因组 水平 预测 膜蛋白 方法 | ||
【主权项】：
一种可在细菌全基因组水平预测外膜蛋白质的方法，其特征在于，该可在细菌全基因组水平预测外膜蛋白质的方法为：利用分组重量编码算法，计算蛋白质序列特征，提取特征向量，建立基于支持向量机的分类器，对外膜蛋白质和非外膜蛋白质进行分类，通过web服务器，接受用户输入的细菌基因组编码的蛋白质序列，预测用户输入的蛋白质序列是否为一个外膜蛋白。
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于中国人民解放军第三军医大学，未经中国人民解放军第三军医大学许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201610228308.0/，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 同类专利
- 专利分类
G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
