[发明专利]一种微生物识别方法及系统在审
| 申请号： | 201610237920.4 | 申请日： | 2016-04-15 |
| 公开（公告）号： | CN107301329A | 公开（公告）日： | 2017-10-27 |
| 发明（设计）人： | 王俊宁 | 申请（专利权）人： | 泽塔生物科技（上海）有限公司 |
| 主分类号： | G06F19/22 | 分类号： | G06F19/22;G06F19/24;G06F19/28 |
| 代理公司： | 上海骁象知识产权代理有限公司31315 | 代理人： | 赵俊寅 |
| 地址： | 201203 上海市浦东*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种微生物识别方法(Microbe Identification)，输入待检测微生物的全基因组序列；计算上述全基因组序列的特征向量，将上述特征向量与数据库中预存的特征向量进行距离计算和排序定位，搜索并收敛至记录数少于等于预设数量为止；对上述搜索得到的一组记录，同输入序列进行平均核酸匹配度指标和序列比对长度比例的计算，用于判断该待测微生物的属种。本发明还提供了一种微生物识别系统，包括输入装置、计算装置、比较装置、输出装置和数据库。本发明本发明提供数据库系统以保存参考基因组记录，管理方便。特征计算可仅在记录插入时进行一次，无需每次查询时进行反复计算，提高了查询效率并降低了查询时的计算开销。本识别方法效率高，计算开销小，运行周期短，并可以得到确定的微生物属种识别依据。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 微生物 识别 方法 系统 | ||
【主权项】：
一种微生物识别方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤一，输入待检测微生物的全基因组序列；步骤二，计算上述全基因序列的特征向量，将上述特征向量与数据库中预存的特征向量进行距离计算和排序定位，搜索并收敛至记录数少于等于预设数量为止；步骤三，对搜索得到的一组同输入序列距离最近的记录，进行平均核酸匹配度指标ANI/isDDH和序列比对长度比例的计算，用于判断该待测微生物的属种或亚种。
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