[发明专利]一种基因表达数据分类方法及分类系统有效
申请号: | 201610246971.3 | 申请日: | 2016-04-20 |
公开(公告)号: | CN105825081B | 公开(公告)日: | 2018-09-14 |
发明(设计)人: | 张莉;黄晓娟;王邦军;张召;李凡长 | 申请(专利权)人: | 苏州大学 |
主分类号: | G06F19/24 | 分类号: | G06F19/24 |
代理公司: | 北京集佳知识产权代理有限公司 11227 | 代理人: | 常亮 |
地址: | 215123 江苏*** | 国省代码: | 江苏;32 |
权利要求书: | 查看更多 | 说明书: | 查看更多 |
摘要: | 本申请公开了一种基因表达数据分类方法及分类系统,其中,所述基因表达数据分类方法中在获得所述基因特征数据集之后,采用聚类算法对所述基因特征数据集进行聚类,获得第一预设参数个的聚类集合,然后对所述聚类集合进行处理获得第二样本矩阵、第二训练集以及特征索引集以对基因表达数据进行降维,从而降低基因表达数据之间的冗余度,进而在很大程度上降低了在之后对所述第二训练集进行特征选择的过程中占用的计算资源以及耗费的计算时间;而采用聚类算法对所述基因特征数据集进行聚类操作所占用的计算资源以及耗费的计算时间都很少,因此采用所述基因表达数据分类方法对待测基因表达数据进行分类占用的计算资源和耗费的计算时间都较少。 | ||
搜索关键词: | 一种 基因 表达 数据 分类 方法 系统 | ||
【主权项】:
1.一种基因表达数据分类方法,其特征在于,包括:获取第一训练集,利用所述第一训练集生成基因特征数据集,所述第一训练集中包含基因表达数据;采用聚类算法对所述基因特征数据集进行聚类,获得第一预设参数个的聚类集合,每个所述聚类集合具有一个聚类中心;利用所有的所述聚类集合的代表基因生成第二样本矩阵,其中,所述代表基因为每个所述聚类集合中的一个基因表达数据;对所述第二样本矩阵进行处理获得第二训练集;生成与所述第二训练集对应的特征索引集;对所述第二训练集进行特征排序,获得与所述排序后的第二训练集对应的有顺序的特征索引集;在所述有顺序的特征索引集中选取前第二预设参数个特征组成第三训练集;对所述第三训练集进行建模,获得模型函数;根据所述特征索引集、有顺序的特征索引集和所述模型函数对待测基因表达数据进行分类,获得待测基因表达数据的分类结果;所述根据所述特征索引集、有顺序的特征索引集和所述模型函数对待测基因表达数据进行分类,获得待测基因表达数据的诊断结果包括:根据所述特征索引集对所述待测基因的表达数据进行特征选择,获得第一次特征选择后的样本;根据所述有顺序的特征索引集,选择所述第一次特征选择后的样本中的前第二预设参数个特征组成第二次特征选择后的样本;将所述第二次特征选择后的样本输入所述模型函数中,获得所述模型函数的输出结果,根据所述输出结果获得所述待测基因表达数据的分类结果。
下载完整专利技术内容需要扣除积分,VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息,商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于苏州大学,未经苏州大学许可,擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作,请联系【客服】
本文链接:http://www.vipzhuanli.com/patent/201610246971.3/,转载请声明来源钻瓜专利网。
- 同类专利
- 专利分类
G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
- 数据显示系统、数据中继设备、数据中继方法、数据系统、接收设备和数据读取方法
- 数据记录方法、数据记录装置、数据记录媒体、数据重播方法和数据重播装置
- 数据发送方法、数据发送系统、数据发送装置以及数据结构
- 数据显示系统、数据中继设备、数据中继方法及数据系统
- 数据嵌入装置、数据嵌入方法、数据提取装置及数据提取方法
- 数据管理装置、数据编辑装置、数据阅览装置、数据管理方法、数据编辑方法以及数据阅览方法
- 数据发送和数据接收设备、数据发送和数据接收方法
- 数据发送装置、数据接收装置、数据收发系统、数据发送方法、数据接收方法和数据收发方法
- 数据发送方法、数据再现方法、数据发送装置及数据再现装置
- 数据发送方法、数据再现方法、数据发送装置及数据再现装置