[发明专利]基于基因表达与亚细胞定位信息的蛋白质网络精炼方法

摘要

本发明公开了基于基因表达与亚细胞定位信息的蛋白质网络精炼方法，利用时间相关模型与时间不相关模型过滤基因表达数据；对S‑PIN中的每条边e(u,v)，如果边e连接的两个蛋白质节点u和v在所有时间点都不同时满足活性的判决条件，则将边e(u,v)从S‑PIN中移除；对S‑PIN中的每条边e(u,v)，如果边e连接的两个蛋白质节点u和v不出现在任意一个共同的亚细胞位置中，则将边e(u,v)从S‑PIN中移除；输出过滤后的S‑PIN的边集E，即为精炼后的蛋白质网络TS‑PIN。有效提高基于网络的关键蛋白质预测方法预测关键蛋白质的准确率。

主权项

基于基因表达与亚细胞定位信息的蛋白质网络精炼方法，其特征在于，具体按照以下步骤进行：步骤1，使用生物相关数据集，包括蛋白质相互作用网络、时间序列下的基因表达数据、蛋白质亚细胞位置信息；步骤2，利用时间相关模型与时间不相关模型过滤时间序列下的基因表达数据；对每一个蛋白质v计算其活性阈值Active_th(v)，如果该蛋白质v在时刻i对应的基因表达值大于活性阈值，即EV(v,i)>Active_th(v)，则表明蛋白质v在时刻i是活跃的，记作t_i(v)＝1；步骤3，对S‑PIN中的每条边e(u,v)，如果边e连接的两个蛋白质节点u和v在所有时间点都不同时满足活性的判决条件，即在所有的时刻都不存在EV(u,i)>Active_th(u)和EV(v,i)>Active_th(v)同时成立，则将边e(u,v)从S‑PIN中移除；对S‑PIN中的每条边e(u,v)，如果边e连接的两个蛋白质节点u和v不出现在任意一个共同的亚细胞位置中，则将边e(u,v)从S‑PIN中移除；输出过滤后的S‑PIN的边集E，即为精炼后的蛋白质网络TS‑PIN。