[发明专利]一种基于生物网络的蛋白质复合物求取方法

摘要

本发明公开一种基于生物网络的蛋白质复合物求取方法，解决分析生物网络中蛋白质相互作用并求取蛋白质复合物的问题。该方法将蛋白质生物网络构建成图模型，依据给定的种子顶点和蛋白质间的相互作用，结合蛋白质集群适应度和蛋白质顶点适应度的求解方法，分析蛋白质间的相互作用，求解蛋白质复合物。本发明能够形成解决在生物网络中求取蛋白质复合物问题的方案，使蛋白质复合物求取问题在解决过程的准确性和高效性方面得到保障。

主权项

1.一种基于生物网络的蛋白质复合物求取方法，其特征在于该方法包括以下步骤：步骤1)用户输入图信息，建立图模型G(V,E,W)：根据用户输入图信息，建立顶点集V,边集E和边权集合W，得到图模型G(V,E,W)；步骤2)构建必要子图集合S_e：求取必要蛋白质图G_e，从图G_e中选取适应度t_i符合条件的顶点构建成子图S_i，所有子图S_i构成必要子图集合S_e；步骤3)构造必要图C_e：筛选最大必要蛋白质P_em，把适应度f_em符合条件的最大必要蛋白质P_em加入临时图H，符合条件的临时图H加入必要图C_e；步骤4)构建非必要子图集合S_n：求取非必要蛋白质图G_n，从图G_n中选取适应度t_i符合条件的顶点构建成子图S_i，所有子图S_i构成非必要子图集合S_n；步骤5)构造非必要图C_n：筛选最大非必要蛋白质P_nm，把适应度f_nm符合条件的最大非必要蛋白质P_nm加入临时图H，符合条件的临时图H加入非必要图C_n；步骤6)求取答案图C：求取非必要图C_n和必要图C_e的并集，得到答案图C；其中，所述的步骤1)用户输入图信息，建立图模型G(V,E,W)，具体为：步骤11)用户输入图G(V,E,W)的顶点集V和边集E，以及边权集合W；所述顶点集V＝{v₁,v₂,...,v_n}；边集E＝{e₁(v_i,v_j),e₂(v_i,v_j),...,e_m(v_i,v_j)}，边集E中的每个元素e_k(v_i,v_j)代表连接顶点v_i和顶点v_j的边；边权集合W＝{w₁(v_i,v_j),w₂(v_i,v_j),...,w_m(v_i,v_j)}，边权集合W中的每个元素w_k(v_i,v_j)代表边e_k(v_i,v_j)的权重，所述n代表顶点个数，m代表边数，i和j代表不同顶点的下标，i和j是1到n之间的整数，1≤k≤m；步骤12)用户输入必要蛋白质集EP、蛋白质适应度的临界值t和顶点适应度临界值t_m；所述必要蛋白质集EP，是指用户指定必须存在的蛋白质顶点的集合；所述蛋白质的适应度，是指蛋白质集群在图G(V,E,W)中适应能力；所述顶点适应度，是指蛋白质顶点在图G(V,E,W)中的适应能力；所述蛋白质适应度的临界值t，是指蛋白质子图的适应度不能低于所给临界值t；所述顶点适应度临界值t_m，是指顶点的适应度不能低于所给临界值t_m。