[发明专利]多重荧光PCR技术筛查和鉴定MLL重排相关融合基因的引物及探针、组合物和方法

摘要

本发明一种用多重荧光PCR技术筛查MLL重排相关融合基因的引物、探针、组合物和方法。所述筛查的MLL重排相关融合基因包括：MLL‑AF9、MLL‑AF6、MLL‑AF4、MLL‑AF1P、MLL‑AF1Q、MLL‑AF10、MLL‑AF17、MLL‑AFX1、MLL‑ELL、MLL‑ENL、MLL‑SEPT6、MLL‑CBP、dupMLL共计13种相对常见融合基因。本发明所述引物、探针、检测组合方式和检测方法方便、经济、快捷，特异性好，灵敏度高，通量大，适于大批量样本的临床检测。

主权项

1.一种用荧光PCR技术筛查及鉴定MLL-AF9、MLL-AF6、MLL-AF4、MLL-AF1P、MLL-AF1Q、MLL-AF10、MLL-AF17、MLL-AFX1、MLL-ELL、MLL-ENL、MLL-SEPT6、MLL-CBP、dupMLL 13种常见MLL重排相关融合基因的组合物，其特征在于，所述组合物包括组合物1至组合物5，其中：/n组合物1包括筛查MLL-AF9融合基因的引物和探针，所述引物和探针的核苷酸序列是：MLL-5F，MLL-5P，MLL-7F2，MLL-7P2，MLL-9F1，MLL-9P1，AF9-5R，AF9-6R，和AF9-10R；/n组合物2包括筛查MLL-AF4和MLL-ENL融合基因的引物和探针，所述引物和探针的核苷酸序列是：MLL-5F，MLL-5P，MLL-7F1，MLL-7P1，MLL-9F2，MLL-9P2，AF4-7R，AF4-9R，AF4-13R，ENL-2R，ENL-6R和ENL-7R；/n组合物3包括筛查MLL-AF10和MLL-AF6融合基因的引物和探针，所述引物和探针的核苷酸序列是：MLL-5F，MLL-5P，MLL-7F2，MLL-7P2，MLL-9F2，MLL-9P2，AF10-6R，AF10-10R，AF10-11R，AF10-15R，AF10-16R和AF6-R；/n组合物4包括筛查MLL-AF17，MLL-AF1Q，MLL-CBP和dupMLL融合基因的引物和探针，所述引物和探针的核苷酸序列是：MLL-5F，MLL-5P，MLL-7F2，MLL-7P2，MLL-9F1，MLL-9P1，AF17-9R，AF17-11R，AF1Q-2R，CBP-3R，CBP-16R和dupMLL-R；/n组合物5包括筛查MLL-ELL，MLL-AFX1，MLL-AF1P和MLL-SEPT6融合基因的引物和探针，所述引物和探针的核苷酸序列是：MLL-5F，MLL-5P，MLL-7F2，MLL-7P2，MLL-9F2，MLL-9P2，ELL-3R，ELL-6R，AFX1-3R，AF1P-2R，AF1P-6R，AF1P-10R和SEPT6-2R；/n所述引物和探针的核苷酸序列是：/nMLL-5F：5'-AGGTGCCTGAGGACTGTGGT-3'/nMLL-5P：5'-FAM-TTTGGTGGTCGCAATATAAAGAAGCAGTGC-TAMRA-3'/nMLL-7F1：5'-CGCCTCAGCCACCTACTACAG-3'/nMLL-7P1：5'-FAM-CGCCAAGAAAAGAAGTTCCCAAAACCACT-TAMRA-3'/nMLL-7F2：5'-ACAGGACCGCCAAGAAAAG-3'/nMLL-7P2：5'-FAM-AAAGCAGCCTCCACCACCAGAATCAG-TAMRA-3'/nMLL-9F1：5'-AGGAGAATGCAGGCACTTTGA-3'/nMLL-9P1：5'-FAM-CATCCTCAGCACTCTCTCCAATGGCAATA-TAMRA-3'/nMLL-9F2：5'-GCAGGCACTTTGAACATCC-3'/nMLL-9P2：5'-FAM-TCAGCACTCTCTCCAATGGCAATAGTTCTAAG-TAMRA-3'/nAF9-5R：5'-GCTGCTGCTGCTGGTATGAAT-3'/nAF9-6R：5'-TGGCAGGACTGGGTTGTTC-3'/nAF9-10R：5'-TAAGGTTCACGATCTGCTGC-3'/nAF6-R：5'-GCGAGCGTTTCGATTACATC-3'/nAF4-7R：5'-CTAGGCGTATGTATTGCTGTCA-3'/nAF4-9R：5'-AGGTCGTCTTCGAGCATGGA-3'/nAF4-13R：5'-TGCTGCCCTTACTCTCTGG-3'/nAF1P-2R：5'-AGCCAACACCCTTCCAGTATT-3'/nAF1P-6R：5'-AGGTTCCACTGATTAGCAAAGG-3'/nAF1P-10R：5'-CTCCAATCCAGACACAAATCC-3'/nAF1Q-2R：5'-GGCATCCTCCAGAAAAGAAAG-3'/nAF10-6R：5'-TGTCATGCAAGCACCAGTG-3'/nAF10-10R：5'-GAGGTGTGTGCAGAGACTTCCT-3'/nAF10-11R：5'-TTTGAGCCCGCTTATATCCT-3'/nAF10-15R：5'-GATCCCGAGCCAGATACTACA-3'/nAF10-16R：5'-CCTGACTGAGAGAAGATCCAGA-3'/nAF17-9R：5'-AAGAGGAAGCCGAGGAGGA-3'/nAF17-11R：5'-GAAGCAGAAGAGGAGGGGAG-3'/nAFX1-3R：5'-CCTTGATGAACTTGCTGTGC-3'/nELL-3R：5'-TTGGAGAGGTAGAAGGAGAACG-3'/nELL-6R：5'-GTAGCCAGGCCAGTCCTTCT-3'/nENL-2R：5'-TCCAGTCGTGAGTGAACCC-3'/nENL-6R：5'-TCTTGCTGCTCTCCTTGTTG-3'/nENL-7R：5'-GGAGTTGGACGGGCTTGAC-3'/nSEPT6-2R：5'-GGACAGTTCGGCAACCTTC-3'/nCBP-3R：5'-CCAAATGGACTTGTGTTCCC-3'/nCBP-16R：5'-CCACTTCCATTGGTTCTGATT-3'/ndupMLL-R：5'-CACAGATGGATCTGAGAGGATAGC-3'。/n