[发明专利]生物样本显微成像的自动修改成像区间方法

摘要

本发明涉及一种生物样本显微成像的自动修改成像区间方法，该方法先将样本轮廓通过内源性或外源性标记从而与周围组织有明显差异，设置初始样本成像区间，对样本表层进行光学显微成像，成像区间大于样本待成像区域；利用该样本表层的成像结果，通过轮廓识别算法计算出实际的样本区域并设置为下一层的成像区间；根据设置的成像区间，对下一层待成像样本进行光学显微成像，成像区间覆盖样本待成像区域，无冗余成像；重复上述步骤，直到完成数据获取任务。本方法使得样本可以自动调整成像区间进行采集，降低了样本采集的总马赛克数量，避免采集冗余数据造成采集时间延长所带来的负面影响。

主权项

1.一种生物样本显微成像的自动修改成像区间方法，其特征在于包括以下步骤：(1)将样本轮廓与周围包埋剂进行有明显差异的标记，所述明显差异是指使样本内的细胞能够发出足够的信号作为样本有效区域而与包埋剂有所区分；(2)设置初始样本成像区间，对样本表层进行光学显微成像，成像区间大于样本待成像区域；(3)利用该样本表层的成像结果，通过轮廓识别算法计算出实际的样本区域并设置为下一层的成像区间；(4)根据步骤(3)设置的成像区间，对下一层待成像样本进行光学显微成像，成像区间覆盖样本待成像区域，无冗余成像；(5)重复步骤(3)、(4)，直到完成数据获取任务；所述步骤(3)的轮廓识别算法具体为：(a)对图像进行滤波；(b)根据样本类型设置阈值，对滤波后的图像进行二值化处理，得到有效样本区域；所述设置阈值是根据样本类型设置对应的不同阈值；或对第一张图像进行所有可能阈值的计算，根据有效样本面积变化情况取变化小于1％的阈值平均值；或者根据有效面积变化判断样本的合适阈值；(c)判断有效区域是否正确，若不正确则根据错误类型修改阈值，返回(b)，若正确则进行下一步。