[发明专利]一种与猪初生窝重和胎重相关的分子标记鉴定方法及应用

摘要

本发明公开了一种与猪初生窝重和胎重相关的分子标记鉴定方法及应用，包括样品采集、猪基因组DNA的提取与检测、然后再用SNP芯片基因型判定及基因型数据的质控，以样本DNA为模板，加入PCR扩增引物对进行PCR扩增反应，反应产物纯化后与质谱芯片共结晶，用飞行质谱法检测并分型，检测目的基因的SNP位点，单核苷酸多态性的基因型和等位基因频率的计算是使用PopGene3.2实现的；SNP多态性与性状的关联分析使用SAS9.2软件，最后进行数据整理与分析。本发明的鉴定方法通过确定猪个体基因类型，从而辅助鉴定经产窝重和胎重。

主权项

1.一种与猪初生窝重和胎重相关的分子标记鉴定方法，其特征在于按如下的步骤进行：（1）样品采集：放于75%的酒精中并‑20℃保存，待提DNA；（2）猪基因组DNA的提取与检测：1）从猪组织中提取基因组总DNA；2）待DNA充分溶解后，用紫外分光光度计测定所提浓度，并琼脂糖凝胶电泳检测所提质量；（3）SNP芯片基因型判定及基因型数据的质控：1）取2ul原液进行电泳检测2）引物设计：根据SNP位点序列信息，使用sequenom公司的引物设计软件Assay design3.1,设计PCR反应和单碱基扩展引物并合成；每个SNP的Forward PCR引物、Rewerse PCR引物各取2.5ul，混合成500ul体系；3）PCR反应：B）循环参数延伸反应：B）循环参数4）上机检测：将反应产物9ul稀释3倍，使用树脂进行脱盐，将脱盐处理后的样品点在样品靶上，自然结晶，上机进行质谱检测，并收集数据，反应产物纯化后与质谱芯片共结晶，用飞行质谱法检测并分型，检测目的基因的SNP位点，单核苷酸多态性的基因型和等位基因频率的计算是使用PopGene3.2实现的；SNP多态性与性状的关联分析使用SAS9.2软件进行数据整理与分析。