[发明专利]一种环棱螺类线粒体COⅠ基因的扩增引物及其应用在审
申请号: | 201610408390.5 | 申请日: | 2016-06-11 |
公开(公告)号: | CN106560519A | 公开(公告)日: | 2017-04-12 |
发明(设计)人: | 王炬光;王卫民 | 申请(专利权)人: | 华中农业大学 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C12N15/11 |
代理公司: | 武汉宇晨专利事务所42001 | 代理人: | 张红兵 |
地址: | 430070 湖*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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摘要: | 本发明属于底栖动物鉴定与分类技术领域。具体涉及一种环棱螺类线粒体COⅠ基因的扩增引物及其应用。发明的特征在于,通过同一亚纲下的部分物种COⅠ基因序列设计其特异性引物及扩增验证,主要包括(1)提取环棱螺属样本组织的总DNA;(2)根据NCBI核酸数据库(http//www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore)中发布的前鳃亚纲软体动物线粒体COⅠ全序列,通过Clustal W2对其进行比对分析,设计特异性引物并合成;(3)采用该引物按照标准PCR体系和程序对需要鉴定的环棱螺个体的COⅠ基因进行扩增;(4)优化拼接测序结果,在NCBI核酸数据库中通过BLAST对测序结果进行比对。 | ||
搜索关键词: | 一种 环棱螺类 线粒体 co 基因 扩增 引物 及其 应用 | ||
【主权项】:
一种环棱螺类线粒体COⅠ基因扩增引物的应用方法,其特征在于,包括下列步骤:(1)取鲜活、冷冻或用无水乙醇浸泡的环棱螺属样本个体少量肌肉组织,采用常规SDS‑碱裂解法提取每只样本总DNA,检测纯度后稀释至50ng/μl,作为模板DNA,置于‑20℃备用;同时妥善保存其外壳剩余样本组织;(2)依据形态分类资料确定环棱螺属种类的分类地位,依次鉴定到动物分类学的门、纲、亚纲和科,然后在NCBI核酸数据库中搜索下载前鳃亚纲软体动物登录的线粒体COⅠ基因的全序列,通过Clustal W2下的Multiple Sequence Alignment tools page:Clustal Omega对其进行比对分析,选择序列保守区域,设计特异引物,得到该属的特异性引物对,所述的引物对的序列如下:正向引物F:CTACTAATCATAAGGATATTGG,反向引物R:ATCAGCAGGTAAAATATTATC;(3)根据引物设计得到1400bp目的片段和Tm值48.6℃,进行PCR,采用该引物对按照标准PCR体系和程序对需要鉴定的环棱螺个体中COⅠ基因的序列进行扩增,用凝胶电泳检测扩增效果,筛选主带大小符合预期片段长度的PCR原液送测序公司测序;(4)采用SeqMan软件对优化拼接测序结果,在NCBI核酸数据库中利用BLAST对测序结果进行比对。
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