[发明专利]针对FASTQ数据的多线程快速存储无损压缩方法及其系统在审
| 申请号： | 201610409582.8 | 申请日： | 2016-06-12 |
| 公开（公告）号： | CN106100641A | 公开（公告）日： | 2016-11-09 |
| 发明（设计）人： | 朱泽轩;黄志安;孙怡雯;文振焜 | 申请（专利权）人： | 深圳大学 |
| 主分类号： | H03M7/30 | 分类号： | H03M7/30 |
| 代理公司： | 深圳市恒申知识产权事务所(普通合伙) 44312 | 代理人： | 王利彬 |
| 地址： | 518000 广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明提供一种针对FASTQ数据的多线程快速存储无损压缩方法，应用于DNA序列的压缩，其中，所述方法包括：数据分类步骤：输入原始FASTQ数据，并将所述原始FASTQ数据的短读分成元数据、质量分数和碱基序列三个数据流；数据压缩步骤：针对元数据，利用增量编码方式进行检测并消除元数据的冗余信息；针对质量分数，利用比特级别的PPM预测模型和算术编码进行压缩；针对碱基序列，利用固定阶位的改良型算术编码进行压缩；数据输出步骤：将不同数据流的压缩结果进行归档合并，输出经过压缩后的最终数据。本发明还提供一种针对FASTQ数据的多线程快速存储无损压缩系统。本发明提供的技术方案能提高压缩效率和压缩速度。 | ||
| 搜索关键词： | 针对 fastq 数据 多线程 快速 存储 无损 压缩 方法 及其 系统 | ||
【主权项】：
一种针对FASTQ数据的多线程快速存储无损压缩方法，应用于DNA序列的压缩，其特征在于，所述方法包括：数据分类步骤：输入原始FASTQ数据，并将所述原始FASTQ数据的短读分成元数据、质量分数和碱基序列三个数据流；数据压缩步骤：针对元数据，利用增量编码方式进行检测并消除元数据的冗余信息；针对质量分数，利用比特级别的PPM预测模型和算术编码进行压缩；针对碱基序列，利用固定阶位的改良型算术编码进行压缩；数据输出步骤：将不同数据流的压缩结果进行归档合并，输出经过压缩后的最终数据。
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