[发明专利]一种鸡保种群个体选配优化的方法

摘要

本发明公开了一种鸡保种群个体选配优化的方法，提取鸡保种群留种公、母鸡个体血液DNA，通过简化基因组测序技术进行测序，并与GenBank数据库参考鸡种进行序列比对，找到存在于不同个体上的SNP位点。通过这些SNP位点的等位基因频率和基因型频率计算出个体自身近交系数和个体间亲缘关系系数，根据统计量的值优化个体选配，避开近交系数过高个体及家系内亲缘关系系数过高交配组合，从而达到降低保种群近交水平和维持遗传多样性总量稳态的目的。通过本发明，能有效解决鸡品种资源保护过程中存在的依靠系谱信息无法进行个体精细选配的难题，能有效降低保种群近交水平，进而达到维持遗传多样性稳态，提高保种效果和保种效率的目的。

主权项

1.一种鸡保种群个体选配优化的方法，其特征是，包括以下步骤：(1)保种群留种公、母鸡个体血液采集；使用医用一次性注射器采集保种群或基础群留种公、母鸡翅静脉全血0.5～1.0ml，采集后迅速注入含有2μL 0.5mol/L Na₂ EDTA抗凝剂的无酶管中，然后将无酶管置于4℃环境下保存备用；(2)保种群留种公、母鸡个体血液DNA提取和质量检测；常温下吸出无酶管中保存备用的保种群留种公、母鸡个体血液0.2～0.3ml，采用常规动物外周血苯‑酚抽提法提取个体血液DNA；琼脂糖凝胶电泳分析DNA完整度，分光光度计检测DNA的纯度；(3)文库构建和简化基因组测序；①提取后质检合格的基因组DNA 500ng，加入0.6U EcoRI、T4 DNA连接酶、ATP和EcoRI接头在37℃下反应3小时，65℃退火1小时，然后加限制性内切酶NlaIII和NlaIII接头在37℃下反应3小时，反应结束后在65℃PCR仪中放置30分钟失活内切酶；②使用琼脂糖凝胶电泳对连接产物进行片段选择，选择400‑600bp回收酶切产物；③使用Qubit3.0对回收产物进行DNA定量，等量混合样品；④使用Illumina TruSeq试剂盒对混合产物进行DNA文库构建；(4)原始序列数据统计和过滤测序得到的原始序列含有带接头的、低质量的reads，为了保证信息分析质量，对raw reads过滤，得到clean reads用于后续分析；数据过滤的步骤如下：①去除带接头的paired‑end reads；②当单端测序read中含有的N的含量超过该条read长度比例的10％时，需要去除此对paired‑end reads；③当单端测序read中含有的低质量碱基数超过该条read长度比例的50％时，需要去除此对paired‑end reads；(5)过滤后Clean reads序列数据比对过滤后得到的clean reads有效测序数据比对到Gallus_gallus.WASHUC鸡参考基因组；(6)单核苷酸多态位点SNP鉴定根据比对结果，选取样品平均深度在5以上的group，定义ddRAD标记，进行基于样品的群体内部SNP检测；(7)遗传学统计量计算根据个体SNP鉴定结果，采用常规遗传学统计软件基于等位基因频率计算出个体分子近交系数F和个体间分子亲缘关系系数f；(8)个体选配优化根据分子遗传学统计量结果进行个体选配优化，降低群体的总体近交水平：①剔除自身分子近交系数F>0.0625的留种公、母鸡个体，不参与保种群下一世代的繁殖；②保留的公、母鸡个体合并，并随机组建新的家系，每一家系内严格避开分子亲缘关系系数f>0.125的公、母鸡交配组合，具体家系数量根据保留的公、母鸡数量而定，公母配比一般为1:10～12。