[发明专利]一种蛋白质翻译后修饰甲基化位点的预测方法在审
申请号: | 201610447108.4 | 申请日: | 2016-06-21 |
公开(公告)号: | CN105893787A | 公开(公告)日: | 2016-08-24 |
发明(设计)人: | 邱建丁;温平平;施绍萍;梁汝萍 | 申请(专利权)人: | 南昌大学 |
主分类号: | G06F19/18 | 分类号: | G06F19/18 |
代理公司: | 南昌洪达专利事务所 36111 | 代理人: | 刘凌峰 |
地址: | 330031 江西省*** | 国省代码: | 江西;36 |
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摘要: | 本发明公开了一种蛋白质翻译后修饰甲基化位点的预测方法,属于生物信息学领域。蛋白质甲基化修饰参与细胞功能及细胞过程的许多生命活动,识别其位点对理解细胞的生命活动有十分重要的意义。本发明融合序列信息、进化信息和物理化学性质对蛋白质甲基化序列进行特征编码,采用信息增益优化特征方法并结合支持向量机构建预测模型,独立测试结果表明本方法对蛋白质甲基化位点具有良好的预测性能,同时,开发了网络预测平台,用于对蛋白质甲基化位点的在线预测。 | ||
搜索关键词: | 一种 蛋白质 翻译 修饰 甲基化 预测 方法 | ||
【主权项】:
一种蛋白质翻译后修饰甲基化位点的预测方法,其特征在于:首先,收集实验验证的蛋白质甲基化数据,进行序列预处理后得到正负样本序列,对样本序列进行序列信息、进化信息和物理化学性质等三方面的特征编码;然后,采用信息增益方法优化特征,再采用支持向量机进行机器学习和构建预测模型,用评价指标判断预测模型的性能;最后,构建蛋白质甲基化位点网络预测平台,用于蛋白质甲基化位点的在线预测。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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