[发明专利]一种用于核酸富集捕获的探针及设计方法

摘要

本发明公开了一种用于核酸富集捕获的探针及设计方法。双向探针由正义链探针和反义链探针组成，其中正义链探针和反义链探针均为探针无重叠设计，其长度均为30‑89个碱基，探针的3’或5’具有生物素标记，能与磁珠上的亲和素结合。本发明的双向探针能够提高捕获的特异性(即减少对非靶位置的基因组DNA的捕获)，显著提高对样本突变型DNA的捕获。并且增加捕获样品核酸的原始拷贝数。

主权项

1.一种用于核酸富集捕获的探针，其特征在于，该探针为双向探针，由正义链探针和反义链探针组成，其中正义链探针和反义链探针均为探针无重叠设计，其长度均为30‑89个碱基，探针的3’或5’具有生物素标记，能与磁珠上的亲和素结合；所述双向探针的序列设计方法如下:(1)依据基因突变点在参考基因组对应位置，选取如下长度参考序列：若为外显子上的点突变、插入突变或缺失突变，则选取该外显子长度；若为融合突变，则选取融合断点处的内含子和外显子长度；(2)取参考序列即正义链模板，设计相等长度的正义链无重叠探针；(3)取参考序列的反向互补序列即反义链模板，设计相等长度的反义链无重叠探针；反义链无重叠探针与正义链无重叠探针长度相同，且与正义链无重叠探针错位：反义链无重叠探针长度为n，若n为奇数，最适错位为(n+1)/2；若n为偶数，最适错位为n/2；(4)通过软件分析，剔除含有重复序列的探针；所述软件分析包括探针序列分析以及靶序列分析，软件分析可采用重复序列识别软件进行分析；(5)根据探针捕获样品DNA的高通量测序结果，将捕获所得的非特异片段与所有探针的进行比对，剔除与非特异片段有比对匹配结果的探针；(6)得到最终适用于参考序列的捕获探针。