[发明专利]一种基因组多重扩增测序产物中突变信息的检测方法

摘要

本发明公开了一种基因组多重扩增测序产物中突变信息的检测方法。步骤为，对测序数据进行质量评估和预处理；选择可识别的测序序列进行序列组装；将可识别的测序序列或组装得到的序列与参考基因序列进行序列比对，得到初步的变异信息；根据不同类型情况进行序列变异精校准；得到校准后的测序片段；根据最高丰度的测序片段类型计算得到目标片段的纯合或杂合状态；最终得到基因组多重扩增测序产物中的突变信息。本发明方法可快速、高效、准确的对扩增产物进行识别，节省计算资源；兼容序列组装过程，可有效改善测序过程中产生的碱基质量值衰减问题；可更有效、稳定的对变异信息的纯/杂合状态进行判定，消除PCR过程及测序过程中引入的随机错误。

主权项

1.一种基因组多重扩增测序产物中突变信息的检测方法，其特征在于，步骤为，(1)测序数据的质量评估和预处理，过滤掉不合适的测序数据，得到第一测序序列；(2)引物识别：使用来源于覆盖所检测基因的测序引物，对上述第一测序序列进行来源识别，将可以识别的测序序列为第二测序序列；(3)序列组装：对第二测序序列中可实现每条扩增子的完全覆盖的两端的测序数据，进行序列组装，将其两条片段的重合序列部分进行合并和质量值的重新计算；得到第三测序序列；(4)序列比对：根据来源于覆盖所检测基因的测序引物的序列位置，从标准参考基因组切取参考序列文件，进而将所述第二测序序列或第三测序序列与参考基因序列进行序列比对；得到第四测序序列；(5)变异检测：对所述第四测序序列，采用碱基比较的方式，统计每一个位置上测序序列与所述参考序列的异同，得到初步的变异信息；(6)序列变异精校准：对于相互靠近的突变，将其进行合并，重新计算碱基的突变位置和突变类型；如果存在其中一侧为插入或缺失的类型，需要对合并后的碱基定位进行调整；得到校准后的第五测序片段；对于插入类型，以基因的转录方向为准，如果插入片段的第一位碱基与插入位置的右侧第一位碱基相同，则将其向转录方向移动，直至不满足此条件为止；得到校准后的第五测序片段；对于缺失类型，以基因的转录方向为准，如果缺失片段的第一位碱基与缺失位置的右侧第一位碱基相同，则将其向转录方向移动，直至不满足此条件为止；得到校准后的第五测序片段；(7)序列变异统计输出：根据最高丰度的第五测序片段类型计算得到目标片段的纯合或杂合状态；最终得到基因组多重扩增测序产物中的突变信息。