[发明专利]一种微卫星遗传标记监测鱖种质的方法

摘要

本发明公开了一种微卫星遗传标记监测鱖(Siniperca chuatsi)种质的方法，包括基因组DNA的提取与检测、微卫星序列的查找和分析、多态性微卫星引物的筛选与优化、多态性微卫星的检测和不同地理鱖种群及其遗传性状监测；本发明对鱖转录组测序产生的大量EST进行微卫星位点筛选和多态性微卫星标记开发验证，开发出了15个EST‑SSR多态性微卫星标记，可监测鱖不同地理种群及其遗传性状。可弥补当前鱖的种质检测、良种选育和种质改良研究中遗传背景较模糊、分子标记数量少的局限性，为鱖的种质检测、良种选育和种质改良提供基础，从而推动鱖分子标记的种质检测、辅助遗传育种和基因组学研究的进程。

主权项

一种微卫星遗传标记监测鱖种质的方法,其特征在于，包括如下步骤：(1)基因组DNA的提取与检测取若干尾鱖的尾鳍0.2g，采用酚‑氯仿法提取基因组DNA；用1％琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性，核酸蛋白测定仪测定DNA浓度和纯度，最终用无菌水稀释至约100ng/μL，‑20℃储存备用；(2)微卫星序列的查找和分析挑选不同生长年龄的鱖进行转录组测序，根据所测得转录组文库序列，检索全部非冗余基因数据库中的SSR位点，根据SSRs侧冀序列设计PCR引物、基因注释及GO二级分类，挑选出分类中生长，增殖，代谢3个GO二级分类条目中的等基因上的SSR位点所设计的引物；(3)多态性微卫星引物的筛选与优化从步骤(2)中3个二级分类条目的所有引物中，随机选取了120对引物进行预扩增及多态性引物筛选。(4)鱖不同地理种群及其遗传性状监测从步骤(3)中筛选出15对稳定性较好的引物，取同样数量的长江水系鱖，淮河水系鱖，珠江水系鱖，黑龙江水系鱖4个鱖野生地理群体，随后进行预扩增及多态性微卫星引物筛选；分别进行个体基因扫描、种群遗传结构分析和多样性检测，其中扩增的体系、程序和退火温度参照预扩增的过程，聚丙烯酰胺凝胶电泳、硝酸银染色后进行拍照，并利用软件Gel‑Pro Analyzer`4.5获取每尾鱖的基因型数据，利用PopGen32软件统计各个微卫星标记基因座的等位基因频率(P)、等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、哈德温伯格平衡PHW，计算出多态性信息含量PIC，所述多态性信息含量PIC的计算公式为:PIC=1-Σi=1npi2-Σi=1n-1Σj=i+1n2pi2pj2]]>式中Pi、Pj分别为群体中第i和第j个等位基因频率，j＝i+1，n为某一基因座上等位基因数；计算不同品系间的遗传距离和遗传相似度，以及相关遗传参数，应用UPGMA构建不同品系的分子系统树。