[发明专利]一种检测海洋环境中细菌群落的基因芯片

摘要

本发明提供一种检测海洋环境中细菌群落的基因芯片，即可平行、快速、高通量的检测海洋环境中的细菌群落，使基因芯片技术更好的应用于海洋环境监测。本发明芯片所使用的探针可以快速、高通量地对海水中的18个门的细菌群落进行检测，最大可以检测55个科的细菌信息，从而为海洋环境细菌群落的监测提供了有力的技术支持，为建立、健全近岸海域海洋环境质量综合评价体系奠定了坚实的基础。

主权项

一种基因芯片，其特征在于，所述的基因芯片包含有芯片载体，以及固定在芯片载体上的，用于检测海水中的Acanthopleuribacteraceae菌、Desulfurobacteriaceae菌、Chlamydiaceae菌、Chlorobiaceae菌、Anaerolineaceae菌、Caldilineaceae菌、Chloroflexaceae菌、Deferribacteraceae菌、Deferribacteralesincertae sedis菌、Deinococcaceae菌、Thermaceae菌、Trueperaceae菌、Fibrobacteraceae菌、Alicyclobacillaceae菌、Bacillaceae菌、Bacillales(Exiguobacterium‑marinum)菌、Clostridiaceae菌、Clostridiales_Incertae Sedis菌、Erysipelotrichaceae菌、Lachnospiraceae菌、Lactobacillaceae菌、Leuconostocaceae菌、Listeriaceae菌、Paenibacillaceae菌、Peptococcaceae菌、Planococcaceae菌、Ruminococcaceae菌、Staphylococcaceae菌、Thermoanaerobacteraceae菌、Veillonellaceae菌、Fusobacteriaceae菌、Gemmatimonadaceae菌、Lentisphaeraceae菌、Victivallaceae菌、phycisphaeraceae菌、Planctomycetaceae菌、Leptospiraceae菌、Spirochaetaceae菌、Acholeplasmataceae菌、Opitutaceae菌、Puniceicoccaceae菌、Verrucomicrobiaceae菌、Bacteriovoracaceae菌、Bdellovibrionaceae菌、Cystobacteraceae菌、Desulfobacteraceae菌、Desulfobulbaceae菌、Desulfovibrionaceae菌、Desulfurellaceae菌、Desulfuromonadaceae菌、Haliangiaceae菌、Myxococcaceae菌、Nannocystaceae菌、Campylobacteraceae菌、Helicobacteraceae菌的探针；其中用于检测Acanthopleuribacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:1‑3中的任一种或几种；用于检测Desulfurobacteriaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:4‑6中的任一种或几种；用于检测Chlamydiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:7‑9中的任一种或几种；用于检测Chlorobiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:10‑12中的任一种或几种；用于检测Anaerolineaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:13‑15中的任一种或几种；用于检测Caldilineaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:16‑20中的任一种或几种；用于检测Chloroflexaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:21‑23中的任一种或几种；用于检测Deferribacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:24‑26中的任一种或几种；用于检测Deferribacterales incertae sedis菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:27‑29中的任一种或几种；用于检测Deinococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:30‑31中的任一种或几种；用于检测Thermaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:32‑34中的任一种或几种；用于检测Trueperaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:35‑37中的任一种或几种；用于检测Fibrobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:38‑40中的任一种或几种；用于检测Alicyclobacillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:41‑43中的任一种或几种；用于检测Bacillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:44‑46中的任一种或几种；用于检测Bacillales(Exiguobacterium‑marinum)菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:47‑49中的任一种或几种；用于检测Clostridiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:50‑52中的任一种或几种；用于检测Clostridiales_Incertae Sedis菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:53‑55中的任一种或几种；用于检测Erysipelotrichaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:56‑58中的任一种或几种；用于检测Lachnospiraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:59‑61中的任一种或几种；用于检测Lactobacillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:62‑64中的任一种或几种；用于检测Leuconostocaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:65‑67中的任一种或几种；用于检测Listeriaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:68‑70中的任一种或几种；用于检测Paenibacillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:71‑73中的任一种或几种；用于检测Peptococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:74‑76中的任一种或几种；用于检测Planococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:77‑79中的任一种或几种；用于检测Ruminococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:80‑82中的任一种或几种；用于检测Staphylococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:83‑85中的任一种或几种；用于检测Thermoanaerobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:86‑88中的任一种或几种；用于检测Veillonellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:89‑91中的任一种或几种；用于检测Fusobacteriaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:92‑93中的任一种或几种；用于检测Gemmatimonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:94‑96中的任一种或几种；用于检测Lentisphaeraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:97‑99中的任一种或几种；用于检测Victivallaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:100‑102中的任一种或几种；用于检测Phycisphaeraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:103‑104中的任一种或几种；用于检测Planctomycetaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:105‑107中的任一种或几种；用于检测Leptospiraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:108‑110中的任一种或几种；用于检测Spirochaetaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:111‑113中的任一种或几种；用于检测Acholeplasmataceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:114‑115中的任一种或几种；用于检测Opitutaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:116‑118中的任一种或几种；用于检测Puniceicoccaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:119‑121中的任一种或几种；用于检测Verrucomicrobiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:122‑124中的任一种或几种；用于检测Bacteriovoracaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:125‑126中的任一种或几种；用于检测Bdellovibrionaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:127‑129中的任一种或几种；用于检测Cystobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:130‑132中的任一种或几种；用于检测Desulfobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:133‑135中的任一种或几种；用于检测Desulfobulbaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:136‑138中的任一种或几种；用于检测Desulfovibrionaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:139‑141中的任一种或几种；用于检测Desulfurellaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:142‑144中的任一种或几种；用于检测Desulfuromonadaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:145‑146中的任一种或几种；用于检测Haliangiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:147‑149中的任一种或几种；用于检测Myxococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:150‑151中的任一种或几种；用于检测Nannocystaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:152‑153中的任一种或几种；用于检测Campylobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:154‑156中的任一种或几种；用于检测Helicobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:157‑159中的任一种或几种。