[发明专利]一种蛋白质-RNA复合物结构预测方法

摘要

本发明公开了一种蛋白质‑RNA复合物结构预测方法，具体涉及一种基于模板构建蛋白质‑RNA相互作用模型的方法，首先通过从PDB数据库中挑选出439个的蛋白质‑RNA的模板库，然后使用蛋白质(RNA)的结构比对所有的模板复合物得出相似分数；然后再根据蛋白质(RNA)中的相似分数小的那个值对模型进行排序，最后与给定的阈值进行计较来判断给定的蛋白质‑RNA是否能够结合并给出蛋白质‑RNA的3D结构。本发明开创性地提出了在基于模板构建蛋白质‑RNA的相互作用模型的计算方法，填补了目前的空白，本发明的计算方法比对接的方法成功率增加了40％左右，大大的促进了蛋白质‑RNA三维结构领域的发展。

主权项

1.一种蛋白质‑RNA复合物结构预测方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)计算模板复合物结构分数：将给定的蛋白质和RNA的单体结构分别与模板库中的蛋白质‑RNA相互作用模型模板进行比对，分别得到给定的蛋白质与模板蛋白质的相似分数A，以及给定的RNA与模板RNA相似分数B；对所述相似分数A和相似分数B进行比较，取所述相似分数A和所述相似分数B中较小的相似分数作为利用该模板得到的蛋白质‑RNA相互作用模型的复合物结构分数，每一个模板得到一个蛋白质‑RNA相互作用模型的复合物结构分数；所述模板库的获得方法为：从PDB数据库中下载到所有的蛋白质‑RNA复合物结构，然后从中根据晶体结构分辨率和蛋白质残基以及RNA碱基个数挑选确定模板库；所述模板库中的蛋白质‑RNA相互作用模型晶体结构分辨率比3.0好，所述蛋白质残基个数大于30，所述RNA的碱基个数大于20；所述给定的RNA与模板RNA的比对方法为使用SARA程序来比对；所述SARA程序使用一个归一化的向量来代表RNA的结构，结合RNA的二级结构特征，来比对RNA的二级结构；(2)模型排序：将步骤(1)获得的蛋白质‑RNA相互作用模型的复合物结构分数按照降序排列；(3)模型判断：预先给定一个阈值，将步骤(2)按照降序排列获得的第一个复合物结构分数，即蛋白质‑RNA相互作用模型的复合物结构分数的最大值与所述阈值进行比较，当所述复合物结构分数的最大值小于该阈值，则判断该模型结构不正确，所述给定蛋白质和RNA不能结合；当所述复合物结构分数的最大值大于所述阈值，则判断该蛋白质‑RNA相互作用模型结构正确，该给定蛋白质和RNA可以结合。