[发明专利]一种基于枚举策略重建多倍体个体单体型的方法

摘要

本发明公开了一种基于枚举策略重建多倍体个体单体型的方法，该方法按列依次重建多倍体个体单体型。当重建某个给定位点时，该方法根据该位点的基因型取值，枚举出单体型在该位点上的所有可能取值，并根据指定的指标值计算函数计算SNP片段针对各枚举值的指标值，选取对应最大指标值的枚举值作为该位点的单体型取值。该方法需要的时间和金钱成本低，其性能受片段数目、测序错误率和单体型长度等参数的影响较小，能快速地重建出具有较高重建率的多倍体个体单体型。同时，在该枚举方法的框架下，指标值可以使用不同的距离函数来计算，算法灵活性强，具有较好的扩展性。

主权项

一种基于枚举策略重建多倍体个体单体型的方法，其特征在于，包括以下步骤：1)预处理：对片段矩阵M和基因型矩阵g进行预处理，删掉对单体型重建工作无用的纯合SNP位点，预处理后只含杂合位点的片段矩阵和基因型矩阵分别用M'和g'表示；2)进行枚举策略阶段：针对步骤1)得到的只含杂合位点的片段矩阵M'和基因型矩阵g'，按照SNP位点次序，依次根据每个杂合SNP位点的基因型枚举单体型在该位点上的所有可能取值，利用指标值计算函数计算SNP片段针对所有枚举值的指标值，并选取对应最大指标值的枚举值作为该位点的取值，以此重建出仅含杂合位点的单体型h'；3)扩展阶段：将步骤1)中删除的纯合SNP位点重新加回，对于重建的仅含杂合位点的单体型h'，若某个已删除位点的取值记为0或1，则将单体型h'的相应SNP位点处插入0或1，从而扩展成最终的单体型h；经过上述步骤，得到最终的单体型。