[发明专利]一种筛选新型CRISPR-Cas系统的方法和装置有效
| 申请号： | 201610741844.0 | 申请日： | 2016-08-26 |
| 公开（公告）号： | CN107784200B | 公开（公告）日： | 2020-11-06 |
| 发明（设计）人： | 李芳;杨子翊;顾颖;李俊桦 | 申请（专利权）人： | 深圳华大生命科学研究院 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;G16B25/00 |
| 代理公司： | 深圳鼎合诚知识产权代理有限公司 44281 | 代理人： | 孙银行;彭家恩 |
| 地址： | 518083 广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明公开了一种筛选新型CRISPR‑Cas系统的方法和装置，该方法包括：提供菌株的预测出的基因序列和蛋白序列；获取CRISPR区域和含有cas1注释信息的蛋白；寻找cas1或重复序列附近第一长度范围内大于第二长度的蛋白，并提取菌株候选区域的蛋白序列；进行比对；提取出蛋白一致性最高的注释结果，筛选出与cas9或cpf1型具有非100%比对率的高度同源菌株，进行二级结构预测，得到蛋白的元件排布位置信息，并将不符合cas9或cpf1元件排布的蛋白挑选出来，作为候选蛋白。本发明的方法可对单菌种基因组数据进行分析，挑选出可能属于新型CRISPR‑Cas系统的菌株蛋白。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 筛选 新型 crispr cas 系统 方法 装置 | ||
【主权项】：
一种筛选新型CRISPR‑Cas系统的方法，其特征在于，所述方法包括：提供菌株的预测出的基因序列和蛋白序列；获取所述基因序列中的CRISPR区域，并对所述蛋白序列进行注释以获得含有cas1注释信息的蛋白；寻找所述cas1或所述CRISPR区域的重复序列附近第一长度范围内大于第二长度的蛋白，并提取满足设定条件的菌株候选区域的蛋白序列；将所述满足设定条件的菌株候选区域的蛋白序列与蛋白质数据库进行比对，获得比对结果；从所述比对结果中，提取出蛋白一致性最高的注释结果，并筛选出与cas9或cpf1型具有非100%比对率的高度同源菌株；对所述高度同源菌株的蛋白序列进行二级结构预测，得到蛋白的元件排布位置信息，并将不符合cas9或cpf1元件排布的蛋白挑选出来，作为候选蛋白。
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于深圳华大生命科学研究院，未经深圳华大生命科学研究院许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201610741844.0/，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 上一篇：结合物联网技术的脏衣管理清洁系统与方法
- 下一篇：一种复合布的除尘装置
